{"id":4110,"date":"2024-12-15T00:27:49","date_gmt":"2024-12-14T22:27:49","guid":{"rendered":"https:\/\/www.mimiryudo.com\/blog\/?p=4110"},"modified":"2024-12-22T17:42:27","modified_gmt":"2024-12-22T15:42:27","slug":"avent-2024-ecrire-sa-these-14-24-etudes-quantitatives-grands-principes","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.mimiryudo.com\/blog\/2024\/12\/avent-2024-ecrire-sa-these-14-24-etudes-quantitatives-grands-principes\/","title":{"rendered":"[Avent 2024 &#8211; Ecrire sa th\u00e8se] &#8211; 14\/24 &#8211; Etudes quantitatives, grands principes"},"content":{"rendered":"\n<p>Apr\u00e8s un point de vue g\u00e9n\u00e9ral sur le qualitatif, faisons de m\u00eame sur le quantitatif avec le m\u00eame plan. L\u00e0 encore, vous allez : <strong>choisir un type d&rsquo;\u00e9tude <\/strong>(selon votre objectif) &#8211; puis <strong>recueillir des donn\u00e9es<\/strong> &#8211; puis<strong> les analyser.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Choisir le type d&rsquo;\u00e9tude <\/h2>\n\n\n\n<p>En qualitatif, vous pouvez \u00e9tudier le <strong>v\u00e9cu d&rsquo;un individu face \u00e0 un ph\u00e9nom\u00e8ne<\/strong> (approche par analyse interpr\u00e9tative ph\u00e9nom\u00e9nologique &#8211; souvent abr\u00e9g\u00e9 en ph\u00e9nom\u00e9nologie), \u00e9tudier les <strong>r\u00e9actions et comportements d&rsquo;individus autour d&rsquo;un ph\u00e9nom\u00e8ne<\/strong> (approche par th\u00e9orisation ancr\u00e9e), \u00e9tudier les <strong>dynamiques de groupe face \u00e0 un ph\u00e9nom\u00e8ne<\/strong> (ethnographie)&#8230; ou autres m\u00e9thodes que nous avons peu d\u00e9taill\u00e9es. <\/p>\n\n\n\n<p>En quantitatif, en reprenant le terme de ph\u00e9nom\u00e8ne (qu&rsquo;on pourrait plut\u00f4t remplacer par \u00ab\u00a0variable\u00a0\u00bb), vous pouvez : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>\u00e9tudier la survenue d&rsquo;un ph\u00e9nom\u00e8ne (une maladie, une habitude m\u00e9dicamenteuse, une fr\u00e9quence d&rsquo;effets ind\u00e9sirables&#8230;) par des <strong>\u00e9tudes \u00e9pid\u00e9miologiques descriptives<\/strong><\/li>\n\n\n\n<li>\u00e9tudier l&rsquo;association entre deux ph\u00e9nom\u00e8nes (tabagisme et revenu socio-\u00e9conomique ; tabagisme et cancer du poumon, etc.) par des <strong>\u00e9tudes \u00e9pid\u00e9miologiques analytiques<\/strong><\/li>\n\n\n\n<li>\u00e9tudier les valeurs diagnostiques d&rsquo;un test, par des<strong> \u00e9tudes diagnostiques<\/strong><\/li>\n\n\n\n<li>\u00e9tudier l&rsquo;efficacit\u00e9 et la tol\u00e9rance d&rsquo;un traitement par des <strong>\u00e9tudes th\u00e9rapeutiques<\/strong><\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Comme pour la partie qualitative, nous resterons focalis\u00e9s sur ces grands types d&rsquo;\u00e9tudes. Il en existe d&rsquo;autres, notamment les <strong>\u00e9tudes m\u00e9dico-\u00e9conomiques<\/strong> (co\u00fbt-efficacit\u00e9, co\u00fbt-utilit\u00e9&#8230;) ou les <strong>mod\u00e9lisations math\u00e9matiques. <\/strong>Une liste est <a href=\"https:\/\/lepcam.fr\/index.php\/les-etapes\/quanti\/\">disponible ici<\/a>.<\/p>\n\n\n\n<p>Pour reprendre l&rsquo;exemple de la poule avec un couteau&#8230; La ph\u00e9nom\u00e9nologie nous avait appris le ressenti et le v\u00e9cu d&rsquo;une poule face \u00e0 un tel ustensile ; la th\u00e9orisation ancr\u00e9e nous avait permis de construire un mod\u00e8le du couteau selon les poules ; l&rsquo;ethnographie nous avait fait \u00e9tudier la dynamique d&rsquo;un groupe de poules face \u00e0 un couteau. <br>Cette fois : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>l&rsquo;\u00e9tude \u00e9pid\u00e9miologie descriptive va calculer le nombre de couteaux par poulailler (pr\u00e9valence), \u00e9ventuellement par an (incidence) ; <\/li>\n\n\n\n<li>l&rsquo;\u00e9tude \u00e9pid\u00e9miologie analytique va d\u00e9terminer si le nombre (ou la forme) des couteaux varie en fonction de la taille, la localisation r\u00e9gionale, la densit\u00e9 de pop(o)ulation autour de la ferme ;<\/li>\n\n\n\n<li>l&rsquo;\u00e9tude diagnostique va nous permettre de d\u00e9terminer la sensibilit\u00e9 et la sp\u00e9cificit\u00e9 des cam\u00e9ras \u00e0 infrarouges dans le poulailler pour rep\u00e9rer le couteau ; <\/li>\n\n\n\n<li>l&rsquo;\u00e9tude th\u00e9rapeutique va \u00e9tudier l&rsquo;efficacit\u00e9 et la tol\u00e9rance d&rsquo;un gilet pare-couteau chez les poules<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Recueillir des donn\u00e9es : modalit\u00e9s de recueil et modalit\u00e9s d&rsquo;\u00e9chantillonnage<\/h2>\n\n\n\n<p>Le recueil de donn\u00e9es vise id\u00e9alement \u00e0 l&rsquo;exhaustivit\u00e9&#8230; ou \u00e0 d\u00e9faut, \u00e0 la constitution d&rsquo;un \u00e9chantillon repr\u00e9sentatif de la cible. <br>Par exemple, si vous voulez conna\u00eetre la moyenne en math\u00e9matiques de la classe de 6\u00e8me 4 du coll\u00e8ge Albert Camus de votre ville, l&rsquo;exhaustivit\u00e9 est possible ; si vous voulez conna\u00eetre la moyenne en math\u00e9matiques des 6\u00e8me en France, vous allez peut-\u00eatre devoir constituer un \u00e9chantillon (ou profiter des grandes bases de donn\u00e9es).<\/p>\n\n\n\n<p>ll existe plusieurs m\u00e9thodes de recueil :<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>Observations avec mesures directes <\/strong>: collecte d&rsquo;informations mesurables sur le terrain (clinique, biologique, radiologique, \u00e9ventuellement avec des outils connect\u00e9s&#8230;)<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Bases de donn\u00e9es existantes <\/strong>: r\u00e9utilisation de donn\u00e9es ; pour vous donner une id\u00e9e de ce qu&rsquo;il y a dans le SNDS : <a href=\"https:\/\/health-data-hub.shinyapps.io\/dico-snds\/ pour SNDS\">https:\/\/health-data-hub.shinyapps.io\/dico-snds\/<\/a><\/li>\n\n\n\n<li><strong>Questionnaire (standardis\u00e9s id\u00e9alement)<\/strong> : en papier, en ligne ; souvent structur\u00e9, parfois avec des commentaires libres ; <\/li>\n\n\n\n<li><strong>Exp\u00e9rimentation contr\u00f4l\u00e9e <\/strong><\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Concernant <strong>l&rsquo;\u00e9chantillonnage<\/strong>, il pourra \u00eatre id\u00e9alement probabiliste :<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>al\u00e9atoire (s\u00e9lection al\u00e9atoire) <\/li>\n\n\n\n<li>syst\u00e9matique (s\u00e9lection selon un ordre d\u00e9cid\u00e9 : par exemple le premier patient de chaque jour)<\/li>\n\n\n\n<li>stratifi\u00e9 (s\u00e9lection al\u00e9atoire dans des sous-groupes\/strates homog\u00e8nes selon une caract\u00e9ristique)<\/li>\n\n\n\n<li>en grappe (s\u00e9lection al\u00e9atoire de sous-groupes organisationnels ou g\u00e9ographiques)<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Un \u00e9chantillonnage non probabiliste est possible, mais moins puissant car plus soumis \u00e0 des biais de s\u00e9lection notamment : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>par convenance (les plus accessibles) <\/li>\n\n\n\n<li>intentionnel \/ par jugement (ceux qui semblent pertinent selon le chercheur)<\/li>\n\n\n\n<li>par quotas (celle des sondages : on a des quotas en sexe, \u00e2ge, profession&#8230; et on remplit)<\/li>\n\n\n\n<li>par effet boule de neige (idem en qualitatif : utile pour des populations rares)<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Quand s&rsquo;arr\u00eater ? <\/h2>\n\n\n\n<p>Le <strong>nombre de sujets n\u00e9cessaires<\/strong> doit \u00eatre calcul\u00e9 a priori. Vous pouvez retrouver les informations sur le site <a href=\"https:\/\/chazard.org\/objectifthese\/ressources.htm\">Objectif Th\u00e8se d&rsquo;Emmanuel Chazard.<\/a><\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Logiciels d&rsquo;analyse<\/h2>\n\n\n\n<p>Il existe plusieurs outils et logiciels d&rsquo;analyse : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Excel ou Calc par LibreOffice : vous pouvez faire de nombreuses analyses avec, et les tutoriels sont nombreux aussi sur internet ; vous pouvez trouver des exemples sur le site Objectif Th\u00e8se.<\/li>\n\n\n\n<li><a href=\"https:\/\/www.rstudio.com\/\">R et RStudio<\/a> (interface graphique utile !) : logiciel gratuit opensource, auquel vous pouvez ajouter des paquets (extensions) gratuites. C&rsquo;est puissant&#8230; mais \u00e7a demande une appropriation un peu longue. Si vous \u00eates int\u00e9ress\u00e9s, voici quelques ressources : \n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Cours de Bruno Falissard : <a href=\"https:\/\/www.youtube.com\/@statb.falissard7434\">https:\/\/www.youtube.com\/@statb.falissard7434<\/a><\/li>\n\n\n\n<li>Blog de Claire Della Vedova : <a href=\"https:\/\/delladata.fr\/blog\/\">https:\/\/delladata.fr\/blog\/<\/a><\/li>\n\n\n\n<li>Site d&rsquo;Aymeric Duclert : <a href=\"https:\/\/www.duclert.org\/\">https:\/\/www.duclert.org\/<\/a><\/li>\n\n\n\n<li>R pour les d\u00e9butants d&rsquo;Emmanuel Paradis : <a href=\"https:\/\/cran.r-project.org\/doc\/contrib\/Paradis-rdebuts_fr.pdf\">https:\/\/cran.r-project.org\/doc\/contrib\/Paradis-rdebuts_fr.pdf<\/a><\/li>\n\n\n\n<li>R pour les statophobes de Denis Poinsot : <a href=\"https:\/\/perso.univ-rennes1.fr\/denis.poinsot\/Statistiques_%20pour_statophobes\/R%20pour%20les%20statophobes.pdf\">https:\/\/perso.univ-rennes1.fr\/denis.poinsot\/Statistiques_%20pour_statophobes\/R%20pour%20les%20statophobes.pdf<\/a><\/li>\n\n\n\n<li>&#8230; et de mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, vous pouvez trouver des tutoriels sur des points tr\u00e8s sp\u00e9cifiques (par exemple les cartes par Milos Popovic : <a href=\"https:\/\/milospopovic.net\/blog\">https:\/\/milospopovic.net\/blog<\/a>) <\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n\n\n\n<li><a href=\"https:\/\/www.jamovi.org\/\">Jamovi<\/a> : autre logiciel opensource, beaucoup plus r\u00e9cent et avec moins d&rsquo;extension. Il a une interface plus facile que R. <\/li>\n\n\n\n<li><a href=\"https:\/\/www.ibm.com\/fr-fr\/spss\">SPSS<\/a> ou <a href=\"https:\/\/www.sas.com\/fr_fr\/home.html?utm_source=google&amp;utm_medium=cpc&amp;utm_campaign=brand-global&amp;utm_content=GMS-88251&amp;gad_source=1&amp;gclid=CjwKCAiA9vS6BhA9EiwAJpnXw3jhbtGZ5cwtpCRG9BfHlX7LBcD8bvwxlfbSZpffk10VSdLZ_Y6ZURoCgpAQAvD_BwE\">SAS<\/a> : logiciels statistiques payants, avec une interface plus facile que R (plus anciens que Jamovi, et davantage utilis\u00e9s).<\/li>\n\n\n\n<li><a href=\"https:\/\/biostatgv.sentiweb.fr\/\">BiostatTGV<\/a>&nbsp;: site gratuit de biostatistiques repris par le r\u00e9seau Sentinelles. C&rsquo;est intuitif, didactique mais pas tr\u00e8s pratique pour croiser des donn\u00e9es car il faut tout rentrer \u00e0 nouveau ; <\/li>\n\n\n\n<li><a href=\"https:\/\/epitools.ausvet.com.au\/ : autre site gratuit de biostatistiques, intuitif et didactique.\">https:\/\/epitools.ausvet.com.au\/<\/a> : autre site gratuit&#8230; avec les m\u00eames qualit\u00e9s et les m\u00eames d\u00e9fauts.<\/li>\n\n\n\n<li><a href=\"https:\/\/www.pvalue.io\/\">pvalue.io<\/a>&nbsp;: site internet gratuit permettant d\u2019importer votre base de donn\u00e9es, de r\u00e9aliser des analyses univari\u00e9es et multivari\u00e9e, et d\u2019obtenir des graphiques personnalisables.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Analyse des donn\u00e9es<\/h2>\n\n\n\n<p>Le travail va se baser en 3 temps : <strong>transcrire &#8211; d\u00e9crire (coder) &#8211; analyser<\/strong> <strong>(organiser)<\/strong><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Transcrire<\/h3>\n\n\n\n<p>Vous devez v\u00e9rifier la qualit\u00e9 de vos donn\u00e9es. <\/p>\n\n\n\n<p>Pour cela, le plus simple est de tout regarder visuellement, en d\u00e9crivant les variables une \u00e0 une, par exemple en bo\u00eete \u00e0 moustache (boxplot) : \u00e7a vous permettra de supprimer \/ corriger les donn\u00e9es du patient de 451 ans, celui qui mesure 1180 cm, p\u00e8se 4 kg, etc. Ca vous permettra aussi d&rsquo;homog\u00e9n\u00e9iser s&rsquo;il y a un patient qui prend du \u00ab\u00a0parac\u00e9tamol\u00a0\u00bb avec celui qui prend du \u00ab\u00a0paracetamol\u00a0\u00bb ou celui qui prend du \u00ab\u00a0parac\u00e9tamol    \u00a0\u00bb (avec 3 espaces apr\u00e8s). <\/p>\n\n\n\n<p>Il est aussi pertinent de pr\u00e9ciser ce que vous ferez des donn\u00e9es manquantes : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>suppression (le plus courant) ; <\/li>\n\n\n\n<li>imputation (remplacer par de \u00ab\u00a0fausses\u00a0\u00bb donn\u00e9es probables&#8230;) : c&rsquo;est un outil purement statistique, qui peut \u00eatre discutable. Il faut surtout savoir que \u00e7a existe, mais c&rsquo;est rare pour une th\u00e8se de m\u00e9decine. <\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">D\u00e9crire <\/h3>\n\n\n\n<p>Quel que soit votre type d&rsquo;\u00e9tude, la description (Tableau 1) est indispensable. C&rsquo;est <strong>l&rsquo;analyse univari\u00e9e <\/strong>: vous d\u00e9crivez une variable \u00e0 la fois. <br>Les m\u00e9thodes sont vari\u00e9es : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Moyenne et \u00e9cart-type (mesure de dispersion)<\/li>\n\n\n\n<li>M\u00e9diane et intervalle interquartiles <\/li>\n\n\n\n<li>Nombre (%)<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Les mesures de dispersion peuvent aussi \u00eatre des intervalles de confiance \u00e0 95 % si la variable suite une loi normale.<\/p>\n\n\n\n<p>Je l&rsquo;ai d\u00e9j\u00e0 dit et je le r\u00e9p\u00e9terai : un tableau 1 c&rsquo;est super, \u00e7a permet de synth\u00e9tiser \u00e9norm\u00e9ment d&rsquo;informations en peu de pages (des heures de travail en un seul petit tableau : frustrant peut-\u00eatre, magique assur\u00e9ment). Un tableau vaut 10 ou 20 graphiques lorsqu&rsquo;il s&rsquo;agit de d\u00e9crire des variables (un graphique peut parfois \u00eatre pertinent pour \u00e7a&#8230; mais c&rsquo;est rare qu&rsquo;il fasse mieux que le tableau !)<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Analyser<\/h3>\n\n\n\n<p>Ensuite, vous pouvez proc\u00e9der aux autres analyses. <strong>C&rsquo;est l\u00e0 o\u00f9 vous verrez des petits p&#8230; il n&rsquo;y en a pas en univari\u00e9 et descriptif seul.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>En pratique, on pose en g\u00e9n\u00e9ral l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle ou standard H0 : \u00ab\u00a0il n&rsquo;y a pas d&rsquo;interaction entre les variables\u00a0\u00bb. Cette hypoth\u00e8se va \u00eatre test\u00e9e avec des&#8230; <strong>tests statistiques<\/strong>, pour rejeter (ou non) l&rsquo;hypoth\u00e8se au seuil alpha de 5 % (donc \u00ab\u00a0avec 5 % de risque de nous tromper, nous affirmons qu&rsquo;il existe une interaction \/ une diff\u00e9rence statistiquement significative entre les 2 groupes\u00a0\u00bb). <br>C&rsquo;est ce qu&rsquo;on appelle la d\u00e9marche <strong>hypoth\u00e9tico-d\u00e9ductive <\/strong>(qui est aussi celle que vous utilisez aupr\u00e8s de vos patients : vous formulez des hypoth\u00e8ses diagnostiques \u00e0 l&rsquo;interrogatoire, vous testez \u00e0 l&rsquo;examen physique, vous d\u00e9duisez que leur probabilit\u00e9 diminue\/augmente en cons\u00e9quence, et vous formulez donc une conclusion&#8230; qui est parfois fausse). <\/p>\n\n\n\n<p>Il y a 2 grands types d&rsquo;analyse : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>bivari\u00e9es<\/strong> : est-ce que la variable X influence\/explique\/est associ\u00e9e \u00e0 la variable Y ? <\/li>\n\n\n\n<li><strong>multivari\u00e9es : <\/strong>c&rsquo;est la m\u00eame chose, sauf que la variable \u00e0 expliquer Y peut l&rsquo;\u00eatre maintenant par plusieurs variables, afin de limiter les biais de confusion. <\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Vous avez plusieurs tests existants selon la nature des variables (continu, binaire, etc.) : test t de Student, ANOVA, Chi2, r\u00e9gression lin\u00e9aire, r\u00e9gression logistique, etc. <\/p>\n\n\n\n<p>Si vous vous lancez dans une \u00e9tude quantitative, vous pouvez lire la page de <a href=\"https:\/\/lepcam.fr\/index.php\/les-etapes\/stat\/\">LEPCAM<\/a> ou <a href=\"https:\/\/chazard.org\/objectifthese\/\">Objectif Th\u00e8se<\/a>.<\/p>\n<!-- templates\/buttons-placeholder.php -->\n<div class=\"da-reactions-outer TpostID4110\">\n\t    <div class=\"da-reactions-data da-reactions-container-async center\"\n         data-type=\"post\"\n         data-id=\"4110\"\n         id=\"da-reactions-slot-post-4110\">\n        <div class=\"da-reactions-exposed\">\n\t\t\t<img src=\"https:\/\/www.mimiryudo.com\/blog\/wp-content\/plugins\/da-reactions\/assets\/dist\/loading.svg\" alt=\"Loading spinner\" width=\"64\" height=\"64\" style=\"width:64px\" \/>\n        <\/div>\n    <\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Apr\u00e8s un point de vue g\u00e9n\u00e9ral sur le qualitatif, faisons de m\u00eame sur le quantitatif avec le m\u00eame plan. 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