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Ecrire une thèse de médecine – Comment trouver une idée ?

Comme annoncé dans mes bonnes résolutions, cette année, je vais essayer de vous proposer une série de billets sur l’écriture de thèse. Ce sera l’occasion de partager mon expérience de la direction de thèses : les bonnes idées, les outils à maîtriser, les erreurs à éviter, les imprévus à déjouer… Ce sera une mise à jour détaillée de mon ancien billet sur la thèse, sous forme de questions / réponses.

On commence par « comment trouver une idée ? » Enjoy !

Petite annonce avant de commencer : mardi prochain, il n’y aura pas de billet a priori ; mais vous pourrez me retrouver toute la semaine du 11 au 17 février sur le compte @EnDirectDuLabo ! 😉

Faut-il un sujet de ma discipline (par exemple, médecine générale) ?

Oui.

Depuis la révision du programme des DES, appliquée dès la rentrée 2017/2018, la thèse doit maintenant être « dans la discipline ».

Dans vos recherches, vous pourrez trouver avant 2017 des thèses sur des sujets hors discipline. C’est normal : avant, vous pouviez être en médecine générale et parler de l’apport de l’IRM sur le diagnostic de démence précoce chez des souris transgéniques si ça vous chantait… La logique était de séparer le mémoire pour l’obtention d’un diplôme de « docteur en médecine » (toute spécialité) et le diplôme d’études spécialisées (DES) de la discipline (obtenu après avoir validé les stages de la maquette, les ED et le mémoire/portfolio adaptés).

 

Qui valide mon sujet, et le fait qu’il soit ou non dans la discipline ?

Votre directeur de thèse (si vous en avez un à ce stade). C’est lui qui vous donne le feu vert pour commencer la recherche (ne commencez jamais sans directeur !), puis ensuite constituer un jury et soutenir votre travail de recherche. Sauf s’il aime aller au casse-pipe, il ne le fera qu’en ayant la certitude que tout se passera bien !

Selon les facultés, il peut y avoir une validation par un jury, via une « fiche de déclaration de thèse ». Depuis la réforme 2017/2018, le sujet de thèse doit également être présenté au jury en fin de phase socle puis d’approfondissement.

 

Qu’attend l’université de votre thèse ?

Un article publiable. Consultez des articles publiés en français, car c’est exactement ce que vous devez faire.

Pour détailler un peu, votre travail doit « répondre à une question scientifique pertinente et originale au regard de la littérature internationale pour permettre une publication dans une revue scientifique ». C’est-à-dire que vous devez avoir une introduction menant à une question de recherche, une méthodologie permettant d’y répondre, des résultats (qui seront ce qu’ils sont), une discussion de ceux-ci et une conclusion (plan IMRaD).

Pour être accepté dans une revue, et être appécié par votre jury, votre travail va principalement être jugé sur 3 grands points : « is it useful ? is it new ? is it true ?». Autrement dit, voici les 3 critiques que vous allez devoir désamorcer :

  • En premier : « ça ne sert à rien »… vous devrez, par votre introduction, expliquer en quoi votre travail est utile ;
  • En deuxième : « ça a déjà été fait »… vous devez, là aussi dans votre introduction, indiquer que vous avez lu la littérature, et que votre question répond à une carence de la littérature ;
  • En troisième : « ça a été mal fait »… c’est une critique crainte par les étudiants, mais c’est finalement rare (et constructif) ; vous devrez indiquer dans votre discussion que vous êtes bien conscients des limites de votre travail et ce que vous avez fait pour y remédier, quand vous l’avez pu.

 

Qu’entend-on par un sujet de recherche « original » ?

C’est un sujet qui n’a pas été déjà réalisé (on ne reproduit pas le même travail en boucle). Mais c’est tout ce que ça veut dire.Une grande crainte des étudiants est « si ça a déjà été fait… ? » : en réalité, pour une thèse de médecine générale, c’est hautement improbable. Prenons par exemple 2 sujets :

  • consommation d’AINS chez les coureurs à pied des Hauts-de-France en 2018
  • consommation d’AINS chez les coureurs à pied de l’ultra-trail du Mont-Blanc en 2018.

Même s’ils sont effectivement très proches, ils ne sont pas réalisés dans la même région (rien que cette condition suffirait), et ça n’est pas le même profil de coureur… Ce serait donc bel et bien 2 sujets différents, et deux recherches « originales ».

Pour faire la même thèse, il faudrait que vous étudiiez les mêmes courses, avec un questionnaire très similaire ; vous devriez rapidement vous en rendre compte…

Par ailleurs, la quête de l’originalité ne doit pas vous bloquer. Votre travail ne sera pas « très original », ça c’est une quasi-certitude : mais ça n’est pas grave, car l’originalité pour tous est inaccessible. Pour illustrer, il y a d’un côté 250 films produits par an en France, avec des équipes de professionnels (scénaristes, réalisateurs, techniciens, acteurs…) ; de l’autre, 4000 thèses de médecine générale par an, réalisées le plus souvent par des amateurs de la recherche et sans financement. Avec tout le respect que j’ai pour le cinéma français, il n’y a pas 250 films « originaux » ; donc pas de raison d’avoir une folle originalité sur les 4000 thèses.

Néanmoins, comme dans le cinéma, vous allez faire votre possible pour délivrer un message personnel et novateur, et peut-être vous démarquer du lot ! Pour cela, il faut un sujet qui vous passionne…

 

Sur quelles données peut porter ma thèse ?

Sur toutes !

Pour essayer de synthétiser, vous pouvez travailler sur :

  • des « sciences de la nature » (vous étudiez un phénomène, qui ne va pas se modifier parce que vous l’étudiez), par exemple une maladie ou un traitement ;
  • ou des « sciences humaines et sociales » (vous étudiez la société et les rapports entre humains, qui peuvent modifier leurs réponses et leurs comportements lorsque vous les interrogez, parce qu’ils se savent étudiés), par exemple des patients, des soignants ou des étudiants.

Ces études ont des points communs : elles cherchent à de décrire et analyser de façon rationnelle les faits, se basent sur une littérature existante, utilisent des méthodes transparentes et reproductibles, pour proposer des résultats qui seront discutés et habituellement critiqués par les pairs avant diffusion.

Vous pouvez ensuite travailler sur des données :

  • quantitatives (des chiffres : des taux, des moyennes…),
  • qualitatives (du texte : des dialogues, des discours, des tweets…).

Ces données peuvent provenir de plusieurs sources :

  • littérature: revue de littérature (voire revue de revues de littérature ou umbrella review), méta-analyse, etc.
  • base de données existantes: PMSI, EGB, SNIIRAM, cohorte existante, données sur internat (forums, réseaux sociaux), etc. (on en reparlera)
  • base de données nouvellement créée: questionnaire, etc.

Nous reverrons plus tard comment classer une étude. Mais si vous souhaitez travailler sur l’asthme, vous pouvez étudier :

  • la maladie : sa prévalence, son incidence, etc. (internationale ou nationale dans la littérature, nationale ou locale dans une base de données hospitalière ou ambulatoire, nationale ou locale dans une zone géographique donnée via un questionnaire, etc.)
  • le traitement : son efficacité, sa tolérance, etc.
  • le patient : sa qualité de vie, son observance du traitement, son ressenti, etc.
  • les soignants : leur pratique diagnostique (utilisation de spirométrie au cabinet), leur pratique thérapeutique, leur ressenti,
  • les outils : les vidéos pour l’utilisation des inhalateurs, le site asthme-plongée pour les plongeurs asthmatiques, le développement ou l’évaluation d’une appli, etc.

De façon très pragmatique, je vous conseille de toujours envisager de partir de données existantes avant d’envisager de créer votre propre base (le temps gagné en ne construisant pas la base pourra être réutilisé pour son exploitation). Bien sûr, ça n’est pas toujours possible, et si vous avez besoin de créer votre base, l’important est juste de s’être assuré que c’était justifié.

 

Quelles sont les thématiques possibles pour ma thèse ?

Absolument toutes, en rapport avec la discipline.

Toutes les thématiques sont ouvertes tant qu’il s’agit d’un travail de recherche universitaire.

Pour la médecine générale, votre travail peut donc traiter :

  • de situations relativement spécifiques de médecine générale, pouvant concerner des pathologies ou populations communes avec d’autres disciplines (telles que la pédiatrie, gériatrie, gynécologie-obstétrique, rhumatologie, neurologie, cardiologie, psychiatrie, pneumologie, dermatologie, etc.). Par exemple :
    • suivi longitudinal : quel délai moyen (ou optimal) entre deux consultations pour les pathologies les plus fréquemment rencontrées ? etc.
    • stade précoce et indifférencié des maladies : vécu des patients avant l’annonce d’un diagnostic grave, prise en charge des médecins généralistes devant une épaule douloureuse, etc.
    • organisation : comment sont informatisés les cabinets médicaux en France ? Quelle vision de la sécurité informatique pour les médecins ou patients ? Quel matériel est utilisé (ECG, spiromètre, audiogramme, polygraphe, etc.) ? Quels médecins utilisent un Sensory Baby Test ? Quels sites sont utilisés, par qui et dans quelles circonstances (Antibioclic, Pediadoc, Aporose, etc.) ? Quelles sont les motivations et freins à la télémédecine ? etc.
    • prévention et dépistage : quelles modifications depuis l’obligation vaccinale ? quels médecins réalisent les frottis cervico-utérins ? quelles conséquences d’une indisponibilité des kits de test immunologique fécal en fin 2018 sur l’incidence des cancers digestifs ?
  • … mais aussi aborder des populations très spécifiques ne relevant pas réellement d’une spécialité, par exemple :
    • le recours aux anabolisants dans le milieu du culturisme,
    • les facteurs associés à une performance sportive chez les coureurs à pied,
    • la consommation d’antalgiques chez les cyclistes,
    • les pathologies des membres supérieurs chez les pianistes professionnels,
    • les performances cognitives chez les gamers,
    • le recours aux « soins non conventionnels » dans le XV de France à travers leurs interviews dans la presse,
    • les tatouages et leur association aux performances dans le catch,
    • la consommation d’anxiolytiques chez les écrivains français,
    • l’intérêt de l’art-thérapie dans une unité Alzheimer,
    • la vision de la médecine générale au XXème siècle à travers la bande dessinée,
    • la prise en charge des épicondylites chez les tennismen de votre région…

Et vous pouvez inverser tout ça. On pourrait presque faire un « Easy Sujet de Thèse Creator » (titre piqué aux amis de Netophonix ^^) : le recours aux anabolisants chez les cyclistes, la consommation d’antalgiques chez les pianistes professionnels, la consommation d’anxiolytiques au XXème siècle à travers la bande dessinée, etc.

Comment choisir son sujet de thèse ?

Vous allez consacrer du temps à votre thèse, donc il faut que ça vous plaise.

N’hésitez pas à vous poser la question suivante : « qu’est-ce qui m’intéresse dans la vraie vie ? » Est-ce la musique, la peinture, la danse, la BD, la littérature, le sport, le cinéma, l’histoire, les jeux vidéo, les sagas mp3…

Demandez-vous ensuite comment la relier à votre discipline (qui est ce que j’ai fait ci-dessus par exemple).

Si vous ne trouvez pas tout seul, faites une recherche rapide pour voir les sujets déjà en lien avec « ce qui vous plait » dans la littérature scientifique, en utilisant en premier (dans cette quête d’un sujet) :

  • LiSSa (littérature scientifique en santé)
  • Sudoc (thèses)
  • PubMed (en anglais)

Par exemple si vous cherchez « jeux vidéo » sur LiSSa, vous trouvez plus de 300 ressources (en févier 2019) avec leur intérêt en pédiatrie, gériatrie, rééducation, psychiatrie, neurologie ; leur impact sur les performances cognitives, sur le sommeil ; les risques d’addiction ; les pratiques des médecins généralistes… Sur le même moteur de recherche, vous avez près de 70 références avec « bande dessinée » concernant son intérêt dans l’enseignement aux médecins, la place du médicament dans Tintin, l’intérêt de BD pour informer sur une pathologie ou un suivi, etc. Cela pourra également se rapprocher de la « bibliothérapie » pour la littérature en tant que thérapie (24 références). Concernant le terme « cinéma », vous trouverez également des références sur « la thérapie par le film », à côté d’articles sur la représentation de la psychiatrie, des addictions, des transplantations à travers les écrans, etc.

Bref, aller sur un de ces moteurs de recherche et taper le mot-clé en lien avec ce qui occupe vos temps libres peut être une bonne solution pour trouver un sujet qui vous plaise vraiment.

Bien sûr, ne me faites pas dire ce que je n’ai pas dit : ça n’est pas parce que ça n’est pas « votre passion » que vous ne devez pas choisir un sujet ! Je ne voudrais pas être responsable d’une vague de sujets sur « Netflix et médecine générale ». Vous pouvez aussi préférer répondre à une question médicale qui vous intéresse. Ce qui compte, c’est que ça vous plaise.

Si je n’ai pas de sujet, que puis-je faire ?

Nous avons vu que vous pouvez TOUT traiter, à partir d’à peu près toutes les données.

Il y a (à mon sens), quatre sources principales pour trouver un sujet de thèse :

  1. Vos passions ou sujets d’intérêt… C’est ce qu’on vient de détailler ci-dessus : posez-vous la question de relier « votre passion » avec « votre discipline ».
  2. La pratique… Une situation clinique, relationnelle, professionnelle, voire personnelle vous interroge et vous amène à faire des recherches. (Ca n’est pas parce que ça ne concerne pas votre passion que ça n’a pas d’intérêt bien sûr !)
  3. Si vous n’avez pas de situation qui vous amène à une thèse… Consultez les actualités en recherche :
    • Les thèses: de façon générale via le site Sudoc ; vous pouvez également consulter les thèses de votre faculté. Par exemple, à Lille, nous avons le Panorama des Productions Universitaires ou PEPITE (http://pepite.univ-lille2.fr/) qui permet une recherche par discipline notamment.  Cela permet de voir les thématiques, et éventuellement d’avoir des idées toutes faites en lisant les « perspectives » à la fin de la discussion ;
    • Les revues: Exercer, Prescrire, BMJ, NEJM, Lancet… vous pouvez lire un numéro en entier (le dernier en date, celui du mois de votre dernier anniversaire ou autre mode de sélection aussi pertinent) et regarder ce qui se fait actuellement (là encore les paragraphes « perspectives » sont intéressants) ;
    • Les revues d’hypothèses : il existe des revues ne faisant que formuler des hypothèses, telles que Journal of Medical Hypotheses and Ideas, ou Medical Hypotheses
    • Les congrès : 2 jours à écouter des communications et lire des posters, ça donne des idées souvent ; vous pouvez également retrouver les programmes de ces congrès – pour la médecine générale, jetez un œil aux 3 majeurs : CMGF, CNGE, congrès de l’océan Indien ;
    • Les communiqués d’agences biomédicales: par exemple l’ANSM (http://ansm.sante.fr/Mediatheque/Publications/Informations-recentes), l’InCA, etc. ;
    • Les vraies actualités : via les journaux scientifiques, les journaux grands publics, les réseaux sociaux tels que Twitter, etc.
  4. Si vous n’avez aucune idée malgré ces recherche… Demandez à votre directeur de thèse s’il n’a pas un sujet à traiter ! Attention, n’oubliez pas la règle d’or : le sujet DOIT impérativement vous plaire. Ne vous engagez donc pas à la légère si votre directeur vous propose un sujet qui ne vous intéresse pas.

Une fois que vous avez trouvé la thématique et le sujet qui vous plaisent, nous verrons la prochaine fois comment bien définir votre objectif (ou question de recherche).

En bref

·       Votre thèse doit être dans votre discipline, et cela est validé par votre directeur de thèse (indispensable après avoir trouvé votre idée au plus tard), puis en général par les responsables de votre DES.

·       Votre thèse doit être un article scientifique : elle doit donc se baser sur la littérature, identifier une carence et tenter d’y répondre en partie. Elle ne sera probablement pas aussi originale que vous le souhaitez, mais ça n’est pas grave, car elle aura déjà permis à sa façon de faire (un peu) progresser les connaissances. Et c’est tout ce qu’on lui demande !

·       Choisissez un sujet qui plait, idéalement dans vos sujets d’intérêt (hors médecine, ou en médecine). Si votre thèse vous passionne, la réalisation n’en sera que plus agréable et le rendu meilleur.

·       N’ayez pas peur d’envisager de nombreuses options avant de vous lancer à corps perdu dans la première idée que vous avez (ou qu’on vous propose). Vous trouverez toujours un sujet de thèse, pour peu que vous cherchiez un peu.

 

Exercice avant le prochain billet :

  • Cherchez sur LiSSa ce qui est « votre principale source d’intérêt » et synthétisez les sujets traités à partir des titres des 3 premières pages…

 

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    [Fiche] Vaccination anti-VHB et acquisition d’immunité

    Dans plusieurs situations, nous sommes amenés à nous assurer que les adultes soient bien immunisés contre le VHB, notamment pour des patients de 17-20 ans (en général) qui entrent dans le milieu de la santé… En effet, l’article L. 3111-4 du Code de la santé publique (CSP) et les arrêtés du 6 mars 2007 et du 16 décembre 2016 rendent obligatoire l’immunisation contre l’hépatite B pour les professions suivantes : médecin, chirurgien-dentiste, pharmacien, sage-femme, infirmier, masseur-kinésithérapeute, pédicure-podologue, manipulateur d’électroradiologie médicale, aide-soignant, ambulancier, auxiliaire de puériculture, technicien en analyses biomédicales, assistant dentaire, thanatopracteur. L’immunisation est également recommandée pour les secouristes, gardiens de prison, éboueurs, égoutiers, policiers, tatoueurs, etc.

    3 ans de « médecin agréé pour la fonction publique » m’ont exposé à plusieurs types de situations ; je partage ici les questions que je me suis posées à un moment ou un autre :

    • quel est le schéma vaccinal « classique » ?
    • combien de vaccins sont à réaliser au minimum ?
    • quels dosages pour s’assurer de la bonne immunisation ? Et quels seuils ?
    • que faire si le seuil n’est pas atteint ? Faut-il revacciner ? Combien de vaccins faire au maximum ?
    • que faire si l’immunité n’est pas acquise malgré le nombre maximal de vaccin ?
    • peut-on exercer une profession de santé si on est non répondeur, ou a t-on obtenu la PACES pour rien ?

     

    Quel est le schéma vaccinal (début 2019) ? 

    Informations du calendrier de vaccination 2018 :

    • Tous les enfants sont maintenant vaccinés, à 2, 4 et 11 mois (avec le vaccin hexavalent) ; il n’y a pas de rappel systématique
    • Pour un enfant non vacciné : ENGERIX B10 avec un schéma à 0, 1 et 6 mois
    • Pour un enfant de 11 à 15 ans (révolus) : ENGERIX B20 avec un schéma à 0 et 6 mois (sauf si à risque, dans quel cas on privilégiera le schéma à 3 doses d’ENGERIX B10)
    • A partir de 16 ans : ENGERIX B20 avec un schéma à 0, 1 et 6 mois
    • En cas de souhait d’une immunisation rapide (détention, départ imminent en zone d’endémie) : ENGERIX B20 avec un schéma accéléré à 0, J7, J21 et 12 mois
    • Chez les insuffisants rénaux chroniques dialysés et immunodéprimés exposés, les doses sont différentes (2 doses à 0, 1, 2 et 6 mois, soit 8 doses au total).

     

    Combien de vaccins au minimum ? 

    Même si le schéma classique est ENGERIX B 20 en 3 doses (chez les plus de 16 ans)… il est parfois possible de s’arrêter à 2, pour peu que le dosage d’anticorps anti-HBs soit supérieur à 100 UI/l, comme nous allons le voir juste en-dessous.

     

    Quels dosages pour s’assurer de la bonne immunisation ? Et quels seuils ? 

    Quand un patient vous consulte pour s’assurer de son immunisation contre le VHB dans le cadre d’un (futur) exercice professionnel, vous devez lui doser au moins un mois après le dernier vaccin :

    • les anticorps anti-HBc (a t-il été en Contact avec le VHB ? Même si C ne veut pas dire contact, c’est un bon moyen mnémotechnique ;-))
    • les anticorps anti-HBs

    Ensuite, il y a un algorithme (tableau 4.8 du calendrier vaccinal, reproduit un peu plus bas) :

    • Anticorps anti-HBc positif ==> argh, zut, il faut compléter le bilan à visée diagnostique : Ag HBs, ADN VHB, ALAT, ASAT, sérologies VHD (anticorps anti-VH delta) +/- sérologies VHA et VHC
      • Ag HBs + ou charge virale détectable = infection chronique à VHB = avis spécialisé
      • Ag HBs – et charge virale indétectable MAIS Ac anti-HBs < 10 UI/l = avis spécialisé (probablement infection ancienne)
      • Ag HBs – et charge virale indétectable ET Ac anti-HBs > 10 UI/l = immunité acquise (après infection par le VHB)
    • Anticorps anti-HBc négatif (le plus fréquent en France)
      • Si Ac anti-HBs > 100 UI/l = immunité, y compris s’il n’y a eu que 2 vaccins effectués (théoriquement même un seul vaccin, mais c’est beaucoup plus improbable et donc assez peu utile de faire le dosage…)
      •  Si Ac anti-HBs entre 10 et 100 UI/l = immunité si le patient a bien eu les 3 doses (sinon, compléter le schéma vaccinal à 3 doses, et ne pas refaire le bilan biologique au décours)
      • Si Ac anti-HBs < 10 UI/l = non immunisé = compléter le bilan à 3 doses puis recontrôler un à deux mois après la dernière injection

    Capture d’écran 2019-01-21 à 23.33.30

    Que faire si le seuil n’est pas atteint ? Faut-il revacciner ? Combien de vaccins faire au maximum ? 

    Si >10 UI/l après 3 injections = immunité acquise ; sinon, il faut poursuivre les injections d’ENGERIX B20 tous les 1 à 2 mois (avec contrôle de la sérologie préalable pour arrêter dès que le taux dépasse > 10 UI/l).

    On s’arrêtera à 6 injections maximum (patient non répondeur).

    Est-ce tant que ça ? Comme dit plus haut, les personnes immunodéprimées exposées ou les insuffisants rénaux chroniques dialysés sont sur des schémas de 2 vaccins répétés 4 fois (soit 8 doses).

    Une fois le seuil atteint, il n’est pas nécessaire de recontrôler : la preuve d’une sérologie positive (même ancienne) suffit.

    Que faire si l’immunité n’est pas acquise malgré le nombre maximal de vaccin ? 

    Environ 2 à 3 % de la population est non-répondeur (c’est-à-dire qu’ils gardent un taux d’Ac anti-HBs < 10 UI/l malgré les 6 injections).

    Il y a plusieurs possibilités :

    • possibilité de faire un TWINRIX (VHA + VHB), non remboursé, qui peut éventuellement permettre une réponse,
    • ou arrêter, se définir comme non répondeur, avoir une surveillance annuelle de la sérologie VHB, et une attention particulière portée au VHB en cas d’accident d’exposition aux liquides biologiques.

    En pratique, le médecin du travail est un bon référent à ce stade, car il peut évaluer précisément le risque d’exposition au virus de l’hépatite B : un médecin de santé publique va par exemple être moins exposé à ce risque qu’une infirmière en addictologie ou infectiologie.

    Peut-on exercer une profession de santé si on est non-répondeur, ou a t-on obtenu la PACES pour rien ? (argh)

    Rassurez-vous, il y a plusieurs documents qui confirment que vous pourrez exercer une profession de santé, malgré les réticences de votre système immunitaire.

    Par exemple, l’annexe 2 de l’arrêté du 2 août 2013 fixant les conditions d’immunisation des personnes mentionnées à l’article L. 3111-4 du code de la santé publique dit que « les personnes considérées comme non répondeuses à la vaccination peuvent être admises ou maintenues en poste, sans limitation des actes qu’elles sont amenées à effectuer dans le cadre de leur activité professionnelle, sous réserve de l’avis du médecin du travail ou de prévention. Elles sont soumises à une surveillance au moins annuelle des marqueurs sériques du virus de l’hépatite B. Les élèves ou étudiants considérés comme non répondeurs à la vaccination peuvent cependant être admis dans un établissement d’enseignement. Dans ce cas, ils sont soumis à une surveillance au moins annuelle des marqueurs sériques du virus de l’hépatite B. Dans le cas où la personne aurait déjà reçu six doses ou plus en vertu d’un schéma vaccinal précédemment en vigueur, le médecin du travail ou le médecin traitant détermine s’il y a lieu de prescrire l’injection d’une dose de vaccin supplémentaire. »

     

    En conclusion, le plus souvent, vous êtes face à ces cinq situations après le bilan Ac anti-HBc et Ac anti-HBs :

    • Le patient a une sérologie Ac anti-HBc positive : on complète le bilan pour savoir si l’infection est passée ou encore active (Ag HBs, charge virale et transaminases)
    • Le patient a une sérologie Ac anti-HBs > 100 UI/l : il est bien immunisé
    • Le patient est bien vacciné avec sérologie Ac anti-HBs > 10UI/l : il est bien immunisé
    • Le patient est bien vacciné mais avec sérologie Ac anti-HBs < 10 UI/l : on complète tous les 1-2 mois (avec contrôle de la sérologie préalable et prescription de l’ENGERIX B20 sous réserve que les Ac soient encore inférieurs à 10 UI/l), et ce jusqu’à 6 injections maximum ; au-delà on le définit comme non répondeur, on informe et on contrôle la sérologie tous les ans (le médecin du travail s’en occupe).
    • Le patient n’est pas vacciné du tout (et a stage bientôt… on ne va pas reparler ici du schéma accéléré plutôt réservé aux départs pour pays d’endémie ou pour les détenus) : on fait les deux premières injections à M0 et M1, puis un mois après le contrôle Ac anti-HBs ; s’il est > 100, on arrête la vaccination (immunité acquise), s’il est > 10 UI/l, on prévoit l’injection à M6 mais sans contrôle de sérologie (immunité acquise aussi)… Enfin, si la sérologie est < 10 UI/l, on fera le vaccin à M6 puis contrôle de sérologie 1 mois après et revaccination ou non selon le taux.

    Vous voilà prêt à maîtriser toutes les situations sur la bonne immunisation contre le VHB avant entrée en études médicales et paramédicales 😉

     

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      Un peu d’humour dans la recherche (deux vidéos)

      On a déjà parlé des concepts en médecine générale, et de quelques parodies qui ont pu avoir lieu sur ce sujet : la célèbre vache Marguerite de Paul Frappé, une vidéo de 2015 sur « The Clawguerite » (en bas de ce billet)…

      De façon plus large, tout ça s’inscrit dans « l’humour universitaire », qui peut prendre beaucoup de forme : blogs, vidéos, une thèse de 2003 sur les contrepétries en médecine, le compte Twitter « la thèse de Juliette » Ferry-Danini, des comics en ligne pour PhD comics (un peu dans l’esprit de XKCD) ou encore une BD publiée pour les Carnets de thèse de Tiphaine Rivière

      Personnellement, j’aime bien aussi glisser des références dans certains articles (le plus facile à placer étant un dérivé de « de grands pouvoirs impliquent de grandes responsabilités » ; mais sur celui-ci j’ai placé une référence aux Trois Frères).

      Capture d’écran 2019-01-13 à 20.34.21

      Je suis sûr que je ne suis pas le seul à faire ça, mais c’est quand même vachement plus caché quand même… ^^ Et puis bien sûr, il y a ceux qui sont carrément hors concours : les chercheurs qui appellent un gène Sonic Hedgehog par exemple, Smaug, ou Neo, Trynity et Morpheyus pour des gènes de matrice extra cellulaire (chez la drosophile), ou encore les gènes Superman, Clark Kent ou Kryptonite chez la plante… Vous trouverez d’autres exemples ici ou … C’est un peu le même principe qu’en astronomie, quand les découvreurs nomment les astéroïdes Monty Python, James Bond ou Mr. Spock par exemple…

      J’ajoute aujourd’hui (avant-hier en fait) un petit caillou à ce grand édifice concernant les points SIGAPS (dont nous avons parlé il y a très peu de temps). Parce que ça fait un moment que j’y pense, et qu’il fallait que je le fasse… Ca a été l’occasion amusante de réapprendre à utiliser un peu Motion : intégrer du texte sur une vidéo, et intégrer une vidéo sur une télé (une Philips Segantini, modèle 20CT4426 de 1983, qui ressemble assez à celle de ma mère dans mon enfance – mais pas sûr que ça soit celle-ci ^^’)…

      Et pour retrouver « The Clawguerite », c’est ici… 😉

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        L’histoire du forgeron

        « Affûter une épée… » grommela Justin. « Et où je vais trouver un forgeron dans ce trou perdu ? »

        Il se résolut à demander à un paysan, le premier humain croisé depuis une demi-heure.

        « Un forgeron ? Il y en avait trois avant, mais il n’en reste plus qu’un dans le coin…

        — Il doit être bien occupé… Et où je peux le trouver ?

        — A 2 heures de marche d’ici, à Udolwyce. Enfin… il y en a un autre à équidistance, mais je ne vous conseille pas. Pas vraiment un forgeron, si vous voulez mon avis.

        — Il n’y en a vraiment pas avant ? Plus proche ?

        — Bah non. Il n’y a rien ici : pas d’école, pas de boulangerie ; pourquoi vous voudriez qu’il y ait un forgeron ?

        — C’est pas faux.

        — Je sais qu’il y en a qui râlent, mais ils veulent quoi ? Il manque de forgeron partout de toute façon… Dites-lui que vous venez de ma part. Oh, s’empressa d’ajouter le paysan, il ne vous fera pas de prix, mais au moins il saura que je suis encore en vie. C’est toujours bon de faire passer des nouvelles.

        Justin poursuivit sa route vers le nord, et finit par arriver à Udolwyce au tomber du jour. Il repéra rapidement la forge, illuminée par sa fournaise. Même sans la lumière vive, il aurait pu se guider aux bruits répétés et puissants de coups portés sur le fer rougi et l’enclume.

        « Bonsoir, lança Justin, suffisamment fort pour couvrir les bruits du marteau.

        — ‘soir, répéta le forgeron, en sueur.

        Il plongea une serpe en fer incandescent dans un baquet d’eau, d’où émana un nuage de vapeur. Il retira son épais tablier de cuir, s’épongea le front et invita Justin à s’asseoir.

        « Qu’est-ce qui vous amène ? Une épée à affûter ? demanda-t-il en désignant le fourreau à la ceinture du jeune homme.

        — C’est ça…

        Le forgeron consulta un agenda chargé, bourré de ratures.

        « Je peux m’en occuper… après-demain, ça ira ?

        — C’est-à-dire que c’est pressant.

        — Ca l’est toujours. Demain matin, je ferre les animaux ; l’après-midi, j’ai un soc de charrue et trois haches. Période des bûcherons… Demain soir, sinon, mais ça va être tendu. Je préfère prendre mon temps…

        — Aheumm… fit une voix derrière Justin.

        Un jeune homme venait d’entrer. Il avait le teint suffisamment cireux pour donner envie d’allumer ses mèches.

        « Excuse-moi du dérangement.

        — Entre, Harry. Qu’est-ce qui t’amène ?

        — Eh bien hier, je n’ai pas pu me rendre au travail parce que mon cheval était malade. Comme c’est toi qui l’a ferré le mois dernier, mon patron veut que tu fournisses un certificat pour justifier mon absence.

        — Je n’étais pas témoin qu’il était malade.

        — Oui, bah, il l’était. Comme c’est toi qui le suis, le patron veut que tu signes un papier pour dire qu’il était malade, tu sais.

        — Oui, je vois.

        — Et dans la foulée, si tu peux aussi faire un certificat pour l’assurance ; ils veulent savoir si mon cheval est bien ferré et s’il peut circuler…

        — Bon… et il va mieux ton cheval ?

        — Oui, en pleine forme. Il est dehors.

        — Je vois. Tiens, voilà pour toi…

        Il replia ses deux lettres, et les glissa dans une enveloppe qu’il scella. Le jeune homme partit.

        « Alors, où en étions-nous ? Ah oui, demain soir, pour votre épée éventuellement, si ça urge…

        — Non, mais ça ira pour après-demain… je ne suis pas si pressé ! Et je vois que vous êtes particulièrement demandé.

        — Ah ça… Depuis que mes deux confrères sont partis, je suis le seul forgeron et maréchal-ferrant à 20 kilomètres à la ronde.

        — Ah oui, quand même ! Mais ça n’est pas une bonne situation, ça, forgeron ?

        — Ecoutez, moi si je devais résumer ma situation, aujourd’hui avec vous, je dirais que c’est d’abord des rencontres, des gens qui me demandent de forger, réparer, affûter, travailler sur leurs outils. Aucune commande ne se ressemble, j’ai la chance de faire un métier varié et qui me permet de bien gagner ma vie. En plus, de nos jours, tout le monde a une assurance ferronnerie, ce qui fait que la plupart du temps, mes clients ne paient rien ou sont presque intégralement remboursés.

        — Mais alors, comment ça se fait que vous soyez si peu nombreux ? Les gens ne veulent pas venir travailler dans cette fournaise peut-être ?

        — Oh si, vous pensez ! C’est juste que le Grand Maître des Forgerons régule depuis très longtemps le nombre de forgerons formés : sur 100 débutant une formation, seulement 14 travailleront le fer : 7 deviendront des forgerons comme moi, et 7 autres seront maréchal-ferrant, réparateurs d’urgence, ferronniers d’art intérieur ou extérieur, par exemple.

        — Mais… tous les autres ?

        — Bah ils font autre chose de leur vie. Il n’y a pas que le fer dans la vie. La sélection permet de ne garder que l’élite pour les 6 ans de formation : ceux qui connaissent la densité du fer à température ambiante, le prix du charbon au kilo, et ce genre de questions très pointues.

        — Je vois… C’est dommage qu’ils n’aient pas simplement augmenté le nombre de formés plus tôt, finalement.

        — Le Grand Maître des Forgerons ne voit pas très loin. La cataracte, je crois. Il a supprimé ce seuil récemment, mais comme il y a pénurie de formateurs, ça ne va pas changer grand-chose au problème. Ce n’est pas demain la veille qu’il y aura davantage de forgerons au village… Ca va s’arranger d’ici 15-20 ans. En attendant, on va se serrer le tablier !

        — Je vois… Ca doit être compliqué d’être seul… Vous ne devez pas avoir beaucoup de temps pour vous !

        — Je passe beaucoup de temps à la forge, c’est vrai. Ce qui m’ennuie c’est que je ne fais quasiment plus que des réparations… Je ne forge quasiment plus de nouveaux outils, alors les gens achètent parfois de la camelote à des marchands itinérants, que je passe mon temps à réparer… c’est un cercle vicieux. Et c’est pas avec leur assistant à la noix que ça va s’arranger, ah !

        — Quels assist… commença Justin.

        — Ah oui, vous ne savez pas ce que le Grand Maître des Forgerons a proposé ! le coupa le forgeron. Il veut me fournir gratuitement un assistant !

        — C’est une bonne nouvelle ! Vous allez pouvoir vous remettre à forger !

        — Non. Parce que cet assistant, il n’est pas là pour ça. Il est là pour que j’augmente le rythme : plus de réparation, toujours plus ! Au lieu de réparer 20 outils en 10 heures, l’assistant s’occupera des commandes, de préparer le matériel… et d’après le Grand Maître, d’ici deux ans, je pourrais réparer 30 outils en 10 heures, ce qui me permettra de financer moi-même cet assistant.

        — Attendez, le Grand Maître qui régule les forgerons à la baisse dit qu’il faut que vous augmentiez votre cadence ? Mais c’est complètement stupide ! A ce rythme, dans 2 ans, vous serez complètement épuisé !

        — Oui. Je ne suis pas contre un assistant, moi. Mais un assistant pour m’aider à augmenter la qualité de mes outils et de mes réparations ; au lieu de réparer 5 fois le même outil par an, je pourrais le réparer 2 ou 3 fois. Ca me permettrait de rester à 20 outils sur 10 heures, mais de voir défiler plus de personnes différentes.

        — Et ils ont beaucoup d’idées comme ça ?

        — Du même style ? Mais ils en pondent tous les jours ! Ils m’épuisent, tellement ils fourmillent d’idées ! Tenez, il n’y a pas longtemps, il y a un officier du Grand Maître qui a proposé que les réparateurs d’urgence gagnent 60 écus pour renvoyer vers les forgerons une réparation qu’ils jugent non urgente.

        — Mais… vous ne croulez pas déjà sous le travail ?

        — Ah non, mais je vous ai prévenu, ils ont des idées qui fument tellement qu’il y a des pompiers qui commencent à s’inquiéter. C’est le même officier qui proposait que les forgeons travaillent tous jusqu’à 22 heures pour s’occuper des réparations trop urgentes pour attendre le lendemain mais pas assez urgentes pour concerner les réparateurs d’urgence.

        — Laissez-moi deviner : cet officier qui veut réguler les forgerons, il ne serait pas réparateur d’urgence ?

        — Tout juste. Ils ne comprennent pas que nos plages horaires et notre rythme sont corrects, et que ce qu’il faut c’est éviter les réparations en amont, éduquer les gens sur l’utilisation correcte de leurs outils, arrêter d’avoir des patrons qui veulent un certificat pour une journée d’absence justifiée par l’employé, ce genre de choses… Qu’est-ce que vous voulez que j’en sache si son cheval à Harry était malade hier ? Je signe le papier, je perds du temps, il perd du temps, son assurance perd du temps.

        — Tout ça est stupide… Quand je pense que ça pourrait être arrangé par le Grand Maître des Forgerons, qui est lui-même responsable de la pénurie de forgerons par sa régulation à la baisse. Ils avaient peur que les gens sur-consomment des outils en fer s’il y avait trop de forgeron ?

        — Oui, c’est ça. Enfin c’était son prédécesseur… Ils ne l’avoueront jamais de toute façon. Il n’y aura jamais d’excuses pour des gestions douteuses ; ça sera toujours la faute des réparateurs d’urgence trop peu nombreux, des forgerons qui ne travaillent pas assez. C’est dommage, parce que globalement, tout le monde bosse bien. On fait tous ce qu’on peut pour proposer des services de qual…

        — Je peux entrer ? tonna une voix.

        Justin sursauta. Un homme trapu et barbu s’avança ; il sentait un mélange de fleurs et de cannelle, ce qui collait autant à sa physionomie qu’une mousse au chocolat sur un saumon fumé.

        « ‘Soir.

        — Bonsoir, répondit Justin.

        — Tu viens chercher le baquet ?

        — Comme d’habitude.

        — Sers-toi, je viens de finir.

        — A demain.

        L’homme trapu transvida le baquet dans une sorte de grand vase, qu’il jeta sur son dos.

        « C’est un ferroméonier… dit le forgeron lorsque son collègue s’éloigna.

        — C’est quoi ?

        — Un maréchal-ferrant qui vient chaque soir. Il récupère l’eau du baquet qui a servi à refroidir les fers, et il la revend… il prétend à tout le monde que ça remplace de vrais fers, et que ça présente même l’avantage de ne pas avoir de sensations désagréables lorsqu’on se promène, ce genre de choses.

        — Attendez, je ne comprends pas : il met de l’eau sous les sabots des chevaux et dit que ça fait la même chose que des fers ?

        — Oui. Et il est remboursé par l’assurance ferronnerie.

        — Mais c’est une escro… !

        — CHUT ! s’exclama le forgeron. Taisez-vous, malheureux ! Vous voulez qu’il me traîne devant la guilde ?

        — Comment ça ? Vous n’allez quand même pas vous laisser faire par ce charlat…

        — Mais taisez-vous ! Taisez-vous !

        Le forgeron se leva brutalement pour vérifier que personne n’était à proximité.

        « La guilde ne va quand même vous coller un procès au train pour dénoncer ce type, alors que vous êtes en sous-effectif !

        — Ils n’ont pas le choix. C’est la règle : on ne peut pas critiquer un autre forgeron… C’est dans la charte.

        — Mais il en pense quoi, le Grand Maître, qu’il y ait des forgerons qui se destinent à une telle escr… escapade sur les chemins de l’absurdité ?

        — Il dit qu’il est incroyablement rationnel, mais que ça ne fait pas de mal alors ça va. Avant d’arrêter le remboursement par l’assurance ferronnerie, il dit qu’il faut attendre que les Grands Chimistes du fer disent si oui ou non l’eau du baquet peut remplacer les fers à chevaux.

        — Grand suspens…

        — Je vous serais obligeant de ne pas être désobligeant, dit à voix haute le forgeron, au cas où quelqu’un écouterait la conversation. Bon… je ne sais pas pourquoi je vous raconte tout ça. La fin de journée, sans doute. J’ai toujours une phase de sidération après avoir travaillé mes 20 outils…

        — Je connais ça aussi.

        — Bon, je vous laisse, j’ai une réunion avec mes collègues, pour le CPTF.

        — C’est quoi ça ? Et quels collègues ?

        — Tous ceux qui travaillent autour de la ferronnerie et des métaux de façon générale. C’est la communauté professionnelle territoriale de ferronnerie.

        — Ca va vous aider à mieux vous occuper des outils ça ?

        — Bah non. Ca va me donner de nouvelles réunions, de nouveaux dossiers à remplir pour avoir des financements pour accomplir de nouvelles missions autour de la ferronnerie et du fer, et embaucher un chargé de projet en ferronnerie. Enfin, je ne sais pas pourquoi je vous raconte tout ça… revenez après-demain pour votre épée.

        — Si vous n’en avez pas eu marre avant.

        — Oh non. Non, bien sûr que non. J’aime bien forger. Rien ne m’obligera à faire autre chose ou à faire différemment.

        Justin regarda le forgeron s’éloigner. Il ne comprenait pas bien où voulait en venir le Grand Maître : pourquoi  donner de nouvelles missions à des forgerons déjà chargés ? Est-ce que cela allait vraiment permettre aux gens vivant dans les villages les plus reculés d’avoir un accès à un forgeron ? Ouvrir jusqu’à 22 heures donnerait-il la possibilité à ceux venant de très loin d’arriver à la forge avant sa fermeture ? Quel était le sens de tout ça ?

        Ce pays était décidément bien mystérieux.

        Fin de l’histoire.

        Les personnages et les situations de ce récit étant purement fictifs, toute ressemblance avec des personnes ou des situations existantes ou ayant existé ne saurait être que fortuite.

        Dans un autre genre, vous pourrez découvrir pendant 5 jours à partir d’aujourd’hui un nouvel épisode de la saison 3 d’Et la Terre éclata… co-scénarisé avec François TJP (qui est aussi le réalisateur, webmaster…) C’est sur http://boum.studiotjp.com/ 😉

         

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          Itinéraire d’un article publié (2/2) : du choix de revue à la publication

          La semaine dernière (bon, en vrai, j’ai écrit ces deux articles le 5 décembre mais passons…), nous avons vu les pré-requis sur l’impact factor et points SIGAPS notamment… Voyons maintenant comment (tenter de) publier un article, avec quelques trucs et astuces glanés au fil des expériences.

          Etape 1. Choisir la revue

          C’est indispensable de commencer par ça. D’une part, parce qu’écrire en français ou en anglais, c’est un peu différent 😉 D’autre part, parce que CHAQUE revue aura ses petites habitudes en matière de présentation, de références bibliographiques, de sous-titres, de parties supplémentaires. Pour certaines, il faudra une partie en plus pour décrire la revue de littérature menée au préalable ; pour d’autres, il faudra une partie « ce qu’on savait, ce qu’on apprend avec cet article » ; pour une troisième, il faudra écrire un résumé en moins de 200 mots..

          Pour cette étape, il y a plusieurs aides :

          1. Encore une fois, savoir ce que vous voulez : un IF élevé, un SIGAPS haut ? Dans ce cas, il est intéressant de consulter le Journal des Citation Reports, pour avoir les « impact factor ». L’URL ne fonctionne pas seule (même en utilisant l’identification sur la partie basse de la page) : il faut venir de votre page de BU si elle y est abonnée (par exemple à Lille c’est ici, puis Web of Science puis en haut Journal Citation Reports). Vous pouvez extraire ce qui vous intéresse en fichier Excel comme ci-dessus.
          2. les outils de quelques grands groupes éditoriaux :
          3. PubMed et votre propre bibliographie… Si vous voulez publier un article sur le score diagnostique TRUCMUCHEBIDULE, et que ce score a 10 articles sur PubMed dont 7 dans la même revue… commencez par cette revue. Sinon, jetez un oeil à votre bibliographie et regardez quelle revue revient le plus : c’est sûrement celle qui pourra être la plus intéressée par votre article.
          4. enfin, si après soumission, votre article est refusé, vous recevrez parfois des propositions d’autres revues : Alzheimer’s and Dementia renvoie vers A&D : Diagnosis Assessment and Disease Monitoring ; un membre de chez Springer pour vous envoyer un mail pour vous proposer une ou plusieurs autres revues du groupe ; un relecteur peut vous conseiller une autre revue, etc.

          Etape 2. Lire les recommandations aux auteurs et télécharger un article

          Après avoir sélectionné quelques revues dans lesquelles vous pourriez publier votre article, vous avez jeté votre dévolue sur une en particulier (pour des raisons qui vous regardent : IF plus élevé, délai de réponse plus court, bonne expérience avec cette revue préalablement, lectorat plus adapté, etc.)

          Dans ce cas, il faut aller sur leur site (en cherchant simplement sur Google), aller sur la revue, chercher « recommandations aux auteurs » ou « instructions aux auteurs », et appliquer les consignes (Times 12 ou Arial 12, etc.)

          Je vous conseille également de regarder un article proche de celui que vous allez publier ; c’est un bon moyen de vérifier que vous allez faire une mise en forme qui convient. Ca peut aussi vous montrer comment gérer les sous-parties (peut-on mettre des sous-titres ? faut-il mettre des numéros, genre 2.1.2, 2.1.3, etc. ?)

          Etape 3. Utiliser le bon style avec Zotero

          J’ai déjà insisté lourdement sur l’intérêt de Zotero dans ce billet, ou celui-ci ou celui-là. Une raison supplémentaire, c’est que vous pouvez assez facilement changer vos références pour correspondre au style de la revue, en utilisant les « styles » Zotero justement. Ils sont disponibles sur cette page : https://www.zotero.org/styles

          Admettons que vous venez d’essayer de publier dans la Presse Médicale : toutes vos références sont entre des crochets séparés par des tirets. Votre article est refusé, vous voulez le soumettre à Exercer… Vous devez remettre toutes vos références en exposant et séparés par des virgules (et puis il y a d’autres petites subtilités à revoir dans vos références ; pour d’autres revues, il faudra peut-être mettre le titre de la revue en italique, retirer le numéro de volume, ajouter le doi, etc.)

          S’il n’y a pas de style disponible, vous pouvez soit le créer vous-même (mode expert ^^), soit en utiliser un approchant (en général, je préfère celui de La Presse Médicale ou Thérapie, qui sont plus classiques que le « Vancouver » natif de Zotero).

          Etape 4. (Ré)écrire votre article (quelques astuces)

          Vous avez tous les éléments en main… il n’y a plus qu’à écrire, en respectant les bonnes consignes. Ca peut être très rapide si la thèse a été pensée pour la publication ; ça peut être un vrai chemin de croix sinon…

          Etape 4.1. Avoir un modèle

          Je ne l’ai fait qu’une fois (pour mon premier article), mais ça m’est récemment arrivé de le conseiller et je pense que c’est une bonne idée. Si vous ne savez pas comment écrire votre article, qu’il vous semble mal organisé ou brouillon, vous pouvez télécharger un article récent qui vous semble de qualité (*toussote* grâce à Sci-Hub *toussote*).

          C’est utile, comme dit plus haut, pour la mise en page… mais aussi pour la forme globale du contenu. Vous pouvez ainsi essayer de comprendre chaque phrase et transposer votre article dessus. Attention, il ne s’agit pas de faire un plagiat bien sûr ! Il s’agit de réorganiser votre travail en utilisant un patron « concret » (on utilise déjà tous à peu près le même patron « théorique » de toute façon, vous ne plagiez pas la forme…)

          Etape 4.2. Gérer une bibliographie désastreuse

          Un des éléments qui peut le plus rebuter pour passer d’une thèse à une publication, c’est la bibliographie. Si c’est une galère, ça peut vraiment vous prendre longtemps… Donc si vous ou votre thésard avez complètement pété la bibliographie (n’a pas utilisé Zotero, ou a cassé les liens, ou a fait des choses innommables avec), il y a 3 possibilités :

          • soit il a utilisé Zotero, mais les références sont immondes. Dans ce cas, vous pouvez aller sur la bibliographie dans le document texte, faire « Edit Bibliography » et les modifier une à une (surtout ne pas modifier directement, sinon vos corrections disparaitront au premier rafraîchissement),
          • soit il n’a pas utilisé et vous pouvez tout refaire. Dans ce cas, je vous conseille de prendre chaque référence, les ajouter à votre bibliothèque Zotero une à une ; puis revenir sur le ficher texte et créer les références au fur et à mesure en remplacement des anciennes.
          • soit c’est un peu le bazar et/ou vous avez la flemme de tout reprendre, alors que finalement la bibliographie n’est pas si mal. Dans ce cas, voici ci-dessous une astuce que j’ai chopée quand j’ai travaillé un peu avec Prescrire pour les références (ils n’utilisaient pas Zotero).

          Admettons que vous ayez le texte suivant : « blablablabla (1,2). Pourtant, blibliblibli (3 – 6). C’est pourquoi bloubloubloublou (7).
          Références :
          1. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
          (…)
          7. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

          L’astuce consiste à mettre des symboles avant et après ces chiffres, par exemple #1#. Ca donnerait donc :  « blablablabla (#1#,#2#). Pourtant, blibliblibli (#3#, #4#, #5#, #6#). C’est pourquoi bloubloubloublou (#7#). Références :
          #1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
          (…)
          #7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

          (Notez que j’ai transformé 3 – 6 en 3, 4, 5, 6 parce qu’il faut individualiser chaque article à ce stade). 

          Ensuite, vous pouvez déplacer, supprimer, faire votre oeuvre. Par exemple…

          « blibliblibli (#3#, #6#) et bloubloubloublou (#7#). Néanmoins, blablablabla (#1#,#2#). Références :
          #1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
          (…)
          #7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

          (Notez, que j’ai supprimé des références).

          Enfin, il ne vous reste plus qu’à tout remettre au propre à la toute fin, en relisant votre article et en remplaçant chaque référence (dans tout l’article, avec un Ctrl+H) par son numéro d’apparition. Donc ici #3# devient 1, #6# devient 2, #7# devient 3, #1# devient 4 et #2# devient 5, soit :

          « blibliblibli (1, 2) et bloubloubloublou (3). Néanmoins, blablablabla (4,5). Références :
          1. Auteur 3. Titre 3. Revue Année;Volume:Pages.
          (…)
          5. Auteur 2. Titre 2. Revue Année;Volume:Pages. »

          Je vous ai déjà dit que c’était mieux d’utiliser Zotero ?

          Etape 5. Choisir l’ordre des auteurs

          Ah, l’ordre des auteurs… Pour rappel, les points SIGAPS c’est « x 4 » pour premier et dernier ; « x 3 » pour deuxième et avant-dernier ; « x 2 » pour le 3ème auteur ; « x 1 » pour les autres places.

          Ca peut batailler ou ruser pour avoir une bonne place. Quelques règles tout à fait personnelles – à vous de vous faire les vôtres :

          • le premier auteur est celui qui a le plus bossé (en temps) sur le travail : le thésard ou son directeur en l’occurrence (parfois, le temps de réécriture est vraiment important…)
          • ce n’est pas parce qu’il soumet que le directeur doit être premier auteur (j’ai soumis tous les articles de toute façon, c’est trop pénible pour être fait par un interne – sauf s’il a un projet d’universitaire…)
          • le dernier auteur est soit le directeur si le thésard est en premier, soit un PU qui a rendu le travail possible (en donnant l’accès à une base par exemple) ou qui a proposé des corrections importantes dans son champ d’étude… c’est un peu difficile à définir,
          • s’il n’est ni 1er ni dernier, le directeur doit être 2ème auteur,
          • en général, je considère que les jurys de thèse, par leur relecture et avis ayant contribué à améliorer l’article peuvent être dans les co-auteurs ; j’ai toujours fait ça, mais on m’a dit assez récemment que c’était une contribution trop modeste, donc j’y réfléchis un peu plus maintenant,
          • le 3ème auteur et l’avant-dernier, c’est quelqu’un qui a travaillé sur la thèse ; s’il n’y a pas, c’est un membre de jury ou un relecteur qui en a le plus besoin pour sa carrière universitaire, voire hospitalière (parce que les points SIGAPS c’est aussi des sous…)
          • et pas d’auteur fantôme.

          En pratique, je déroge souvent à ces règles… ^^ Et le message que je peux donner c’est attention à la place de n°2, celle que vous pouvez vous attribuer par politesse pour le thésard (en premier pour son travail passé, alors qu’il n’a pas touché à l’article après sa thèse) et les PU présents à la soutenance (place classique de dernier auteur…) Or, c’est une assez mauvaise stratégie puisque les critères CNU sont « premier ou dernier auteur » = utile ; « reste = peu utile ».
          Personnellement, je ne sais pas dire à un interne qui a vraiment bien travaillé « je vais te prendre la première place parce qu’à moi ça pourrait être utile un jour, mais pas à toi »… mais c’est ce que je devrais faire pour respecter les critères CNU et les points SIGAPS (… ou comment un système peut inciter à « minorer » la contribution d’un étudiant sur un travail).

          Etape 6. Soumettre et se soumettre

          Voilà, votre article est prêt ! Bravo ! Il ne vous reste plus qu’à soumettre…

          Deux possibilités s’offrent à vous :

          • vous êtes sur une revue un peu familiale et sympathique et vous pouvez envoyer par mail… C’est (c’était ?) le cas par exemple de la partie gériatrie de la revue Gériatrie et Psychologie, Neuropsychiatrie du Viellissement (indexée sur PubMed), de la Revue de médecine périnatale et d’Exercer (indexés hors PubMed).
          • vous êtes sur une revue avec un système de publication, comme le plus souvent (EES ou EVISE chez Elsevier, vraiment le plus classique, celui que vous êtes presque content de retrouver…)

          Sauf si vous êtes rodé, vous pouvez compter 2 bonnes heures pour soumettre un article, parce qu’il va toujours vous manquer des trucs. C’est peut-être une étape pensée pour décourager les chercheurs… Parmi ce qui va vous manquer / va falloir refaire :

          • vous ne devez pas laisser les figures et tableaux dans le texte (en général), mais juste leur titre en français et anglais
          • il faut mettre les tableaux à part OU à la fin du texte (ça dépend) et les figures à part, au format PDF
            • petite astuce : créez un fichier texte « tableaux et figures » puis vous supprimez tout sauf le tableau 1, vous faites « enregistrer sous… Tableau 1.doc », vous faites annuler, vous supprimez tout sauf le tableau 2, vous faites « enregistrer sous… Tableau 2.doc », etc.
          • le résumé en anglais si vous publiez en français (bon, surtout les premières fois, après vous allez y penser). Si vous êtes mauvais en anglais, utilisez DeepL pour la traduction, c’est plutôt efficace (vérifiez un peu quand même bien sûr…)
          • les mots-clés selon le MeSH en français et anglais (HeTop va vous sauver)
          • les affiliations de vos co-auteurs
          • 1 à 5 noms de reviewers, avec leur adresse mail et pourquoi les avoir choisi
          • la « cover letter » où vous dites en quelques lignes (10 à 15 lignes je dirais ?) pourquoi votre article mérite d’être publié dans cette revue.

          Une fois terminé, vous devez vérifier le PDF, soumettre…

          … et attendre… 1, 2, 3, 6, 9 mois parfois, c’est très variable !

          En général, les « grosses » revues ont tendance à répondre rapidement (les revues du BMJ c’est plutôt un mois ; une revue française sans IF peut mettre 6 mois ; j’ai un article qui est depuis 2 ans chez Pédagogie médicale qui s’est arrêtée en fait…)

          A noter également que certaines revues (par exemple chez PLoS) vous incitent à publier au préalable sur bioRxiv, une archive de preprints. A vous de voir si vous souhaitez que votre article soit public avant relecture par des pairs… A mon sens, pour des petits articles, ça pose plusieurs problèmes : le fait d’être spolié (même si j’y crois peu), mais surtout le fait que votre article puisse se retrouver diffusé avant relecture et amélioration par le peer-reviewing (comme ça a été le cas, sûrement sous l’impulsion des co-auteurs, pour cet article le mois dernier… dont j’avais rapidement parlé en réponse à Alexe ici)… Et puis ça contribue un peu à l’idée d’immédiateté : recherche finie, recherche diffusée, avant la relecture par les pairs, c’est un peu étrange ; c’est comme si un auteur filait son brouillon avant relecture et mise en forme par son éditeur. Sauf si vous avez une recherche révolutionnaire, ça doit pouvoir attendre 3-4 mois que le processus soit terminé (mais j’imagine que ça a un intérêt pratique important pour certaines recherches, notamment en génétique).

          Etape 7. Corriger

          Une fois le délai écoulé, vous recevez une réponse :

          • Votre article est accepté : c’est peu probable… sauf s’il n’y a pas de comité de lecture.
          • Révisions mineures : ça arrive parfois, et c’est très agréable. A quelques mots près, quelques paragraphes à déplacer, votre article va être publié. Il faut bien sûr effectuer les corrections demandées (ou à défaut si c’est infaisable, l’ajouter dans les limites de votre travail en discussion) et répondre au reviewer en le remerciant de son avis, son intérêt, et en détaillant chaque correction effectuée, point par point ;
          • Révisions majeures : en général, c’est plutôt bon signe. Les modifications vont être plus longues, mais l’article sera accepté (ou en révisions mineures) au prochain tour.
          • Votre article est refusé : ça arrive souvent ; allez voir ailleurs sans vous décourager, en reprenant à l’étape 3 ou 5. Souvent il y a quand même des commentaires sur les raisons du revue si c’est allé jusqu’au comité de lecture, ça peut vous aider à améliorer l’article.

          Etape 8. Valider (toujours), payer (parfois), diffuser (partout)

          Supposons que votre article ait été accepté. Si c’est le cas, vous allez recevoir des mails. Si vous avez publié chez Elsevier, vous ferez connaissance avec Kir Kaur (la personne dont vous adorerez recevoir des mails). Il faut penser à lire ces mails, pour valider (encore une fois) le fait que votre travail est bien original, n’a pas été effectué pour un gouvernement, respecte les bases éthiques en vigueur, ce genre de choses.

          Vous devez aussi remplir un document pour dire si oui ou non vous voulez des tirés à part (la réponse est non, car vous aurez le PDF et qu’il ne faut pas exagérer non plus). Vous pourrez éventuellement choisir pour diffuser votre article en Open Access (c’est donc le chercheur qui paie pour que la revue diffuse librement son article au plus grand nombre, au lieu que le lecteur paie pour avoir accès). Enfin, il est possible que vous receviez une facture, comme prévu avant dans les recommandations aux auteurs, si vous avez dépassé le nombre de pages notamment.

          Enfin, une fois votre article accepté, il sera en pré-publication, vous recevrez sûrement un PDF (pas toujours), il sera accessible sur internet… Ca sera l’occasion de le diffuser sur vos réseaux sociaux ou professionnels. Je vous incite justement à vous inscrire sur ResearchGate, qui est une sorte de « Facebook » des chercheurs (sans groupe gilet jaune ^^’) où vous pouvez ajouter vos PDF de façon privée ou publique, et les partager avec ceux qui le souhaite. C’est un bon moyen de diffuser vos travaux, montrer ce que vous faites et voir ce que font les autres (ça et les congrès bien sûr… ;-))

          Par ailleurs, en général, vous recevez une invitation à partager librement votre article pendant quelques jours (par exemple chez Elsevier, c’est ce courriel).

          Partagez pendant 50 jours !

          Partagez pendant 50 jours !

          Etape 9. Remercier votre éditeur…

          Après tout ça, l’éditeur vous enverra un questionnaire de satisfaction, ainsi qu’aux relecteurs bénévoles. Vous pouvez le remplir si vous le souhaitez, mais ne vous en sentez pas obligés non plus. Pour rappel, Elsevier (par exemple) :

          • reçoit gratuitement des articles par des chercheurs A, B, C respectivement
          • en publie les meilleurs (après sélection gratuite par les chercheurs B, C, A respectivement)
          • les fait payer aux chercheurs C, A, B respectivement, avec des coûts exorbitants
          • puis demande aux chercheurs A, B, C ce qu’ils pensent du processus et comment améliorer le travail de B, C et A…

          Evidemment il y a plus que 3 chercheurs, mais globalement, on tourne quand même pas mal en rond, et sur la tête… Il y a d’ailleurs une manifestation sur le coût de la connaissance.

          Etape 10. … et recommencer

          Voilà, vous avez diffusé de la connaissance et un travail de recherche. Avec un peu de chance, il sera cité une ou deux fois (ou beaucoup plus si vous avez publié un travail d’importance majeure, ce qui est rarement le cas… en ce qui me concerne en tout cas ! :D) Vous pouvez penser au travail suivant qui méritera d’être diffusé. A la fin, vous y prendrez peut-être même un peu goût… 😉

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