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Un peu d’humour dans la recherche (deux vidéos)

On a déjà parlé des concepts en médecine générale, et de quelques parodies qui ont pu avoir lieu sur ce sujet : la célèbre vache Marguerite de Paul Frappé, une vidéo de 2015 sur « The Clawguerite » (en bas de ce billet)…

De façon plus large, tout ça s’inscrit dans « l’humour universitaire », qui peut prendre beaucoup de forme : blogs, vidéos, une thèse de 2003 sur les contrepétries en médecine, le compte Twitter « la thèse de Juliette » Ferry-Danini, des comics en ligne pour PhD comics (un peu dans l’esprit de XKCD) ou encore une BD publiée pour les Carnets de thèse de Tiphaine Rivière

Personnellement, j’aime bien aussi glisser des références dans certains articles (le plus facile à placer étant un dérivé de « de grands pouvoirs impliquent de grandes responsabilités » ; mais sur celui-ci j’ai placé une référence aux Trois Frères).

Capture d’écran 2019-01-13 à 20.34.21

Je suis sûr que je ne suis pas le seul à faire ça, mais c’est quand même vachement plus caché quand même… ^^ Et puis bien sûr, il y a ceux qui sont carrément hors concours : les chercheurs qui appellent un gène Sonic Hedgehog par exemple, Smaug, ou Neo, Trynity et Morpheyus pour des gènes de matrice extra cellulaire (chez la drosophile), ou encore les gènes Superman, Clark Kent ou Kryptonite chez la plante… Vous trouverez d’autres exemples ici ou … C’est un peu le même principe qu’en astronomie, quand les découvreurs nomment les astéroïdes Monty Python, James Bond ou Mr. Spock par exemple…

J’ajoute aujourd’hui (avant-hier en fait) un petit caillou à ce grand édifice concernant les points SIGAPS (dont nous avons parlé il y a très peu de temps). Parce que ça fait un moment que j’y pense, et qu’il fallait que je le fasse… Ca a été l’occasion amusante de réapprendre à utiliser un peu Motion : intégrer du texte sur une vidéo, et intégrer une vidéo sur une télé (une Philips Segantini, modèle 20CT4426 de 1983, qui ressemble assez à celle de ma mère dans mon enfance – mais pas sûr que ça soit celle-ci ^^’)…

Et pour retrouver « The Clawguerite », c’est ici… 😉

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    Itinéraire d’un article publié (2/2) : du choix de revue à la publication

    La semaine dernière (bon, en vrai, j’ai écrit ces deux articles le 5 décembre mais passons…), nous avons vu les pré-requis sur l’impact factor et points SIGAPS notamment… Voyons maintenant comment (tenter de) publier un article, avec quelques trucs et astuces glanés au fil des expériences.

    Etape 1. Choisir la revue

    C’est indispensable de commencer par ça. D’une part, parce qu’écrire en français ou en anglais, c’est un peu différent 😉 D’autre part, parce que CHAQUE revue aura ses petites habitudes en matière de présentation, de références bibliographiques, de sous-titres, de parties supplémentaires. Pour certaines, il faudra une partie en plus pour décrire la revue de littérature menée au préalable ; pour d’autres, il faudra une partie « ce qu’on savait, ce qu’on apprend avec cet article » ; pour une troisième, il faudra écrire un résumé en moins de 200 mots..

    Pour cette étape, il y a plusieurs aides :

    1. Encore une fois, savoir ce que vous voulez : un IF élevé, un SIGAPS haut ? Dans ce cas, il est intéressant de consulter le Journal des Citation Reports, pour avoir les « impact factor ». L’URL ne fonctionne pas seule (même en utilisant l’identification sur la partie basse de la page) : il faut venir de votre page de BU si elle y est abonnée (par exemple à Lille c’est ici, puis Web of Science puis en haut Journal Citation Reports). Vous pouvez extraire ce qui vous intéresse en fichier Excel comme ci-dessus.
    2. les outils de quelques grands groupes éditoriaux :
    3. PubMed et votre propre bibliographie… Si vous voulez publier un article sur le score diagnostique TRUCMUCHEBIDULE, et que ce score a 10 articles sur PubMed dont 7 dans la même revue… commencez par cette revue. Sinon, jetez un oeil à votre bibliographie et regardez quelle revue revient le plus : c’est sûrement celle qui pourra être la plus intéressée par votre article.
    4. enfin, si après soumission, votre article est refusé, vous recevrez parfois des propositions d’autres revues : Alzheimer’s and Dementia renvoie vers A&D : Diagnosis Assessment and Disease Monitoring ; un membre de chez Springer pour vous envoyer un mail pour vous proposer une ou plusieurs autres revues du groupe ; un relecteur peut vous conseiller une autre revue, etc.

    Etape 2. Lire les recommandations aux auteurs et télécharger un article

    Après avoir sélectionné quelques revues dans lesquelles vous pourriez publier votre article, vous avez jeté votre dévolue sur une en particulier (pour des raisons qui vous regardent : IF plus élevé, délai de réponse plus court, bonne expérience avec cette revue préalablement, lectorat plus adapté, etc.)

    Dans ce cas, il faut aller sur leur site (en cherchant simplement sur Google), aller sur la revue, chercher « recommandations aux auteurs » ou « instructions aux auteurs », et appliquer les consignes (Times 12 ou Arial 12, etc.)

    Je vous conseille également de regarder un article proche de celui que vous allez publier ; c’est un bon moyen de vérifier que vous allez faire une mise en forme qui convient. Ca peut aussi vous montrer comment gérer les sous-parties (peut-on mettre des sous-titres ? faut-il mettre des numéros, genre 2.1.2, 2.1.3, etc. ?)

    Etape 3. Utiliser le bon style avec Zotero

    J’ai déjà insisté lourdement sur l’intérêt de Zotero dans ce billet, ou celui-ci ou celui-là. Une raison supplémentaire, c’est que vous pouvez assez facilement changer vos références pour correspondre au style de la revue, en utilisant les « styles » Zotero justement. Ils sont disponibles sur cette page : https://www.zotero.org/styles

    Admettons que vous venez d’essayer de publier dans la Presse Médicale : toutes vos références sont entre des crochets séparés par des tirets. Votre article est refusé, vous voulez le soumettre à Exercer… Vous devez remettre toutes vos références en exposant et séparés par des virgules (et puis il y a d’autres petites subtilités à revoir dans vos références ; pour d’autres revues, il faudra peut-être mettre le titre de la revue en italique, retirer le numéro de volume, ajouter le doi, etc.)

    S’il n’y a pas de style disponible, vous pouvez soit le créer vous-même (mode expert ^^), soit en utiliser un approchant (en général, je préfère celui de La Presse Médicale ou Thérapie, qui sont plus classiques que le « Vancouver » natif de Zotero).

    Etape 4. (Ré)écrire votre article (quelques astuces)

    Vous avez tous les éléments en main… il n’y a plus qu’à écrire, en respectant les bonnes consignes. Ca peut être très rapide si la thèse a été pensée pour la publication ; ça peut être un vrai chemin de croix sinon…

    Etape 4.1. Avoir un modèle

    Je ne l’ai fait qu’une fois (pour mon premier article), mais ça m’est récemment arrivé de le conseiller et je pense que c’est une bonne idée. Si vous ne savez pas comment écrire votre article, qu’il vous semble mal organisé ou brouillon, vous pouvez télécharger un article récent qui vous semble de qualité (*toussote* grâce à Sci-Hub *toussote*).

    C’est utile, comme dit plus haut, pour la mise en page… mais aussi pour la forme globale du contenu. Vous pouvez ainsi essayer de comprendre chaque phrase et transposer votre article dessus. Attention, il ne s’agit pas de faire un plagiat bien sûr ! Il s’agit de réorganiser votre travail en utilisant un patron « concret » (on utilise déjà tous à peu près le même patron « théorique » de toute façon, vous ne plagiez pas la forme…)

    Etape 4.2. Gérer une bibliographie désastreuse

    Un des éléments qui peut le plus rebuter pour passer d’une thèse à une publication, c’est la bibliographie. Si c’est une galère, ça peut vraiment vous prendre longtemps… Donc si vous ou votre thésard avez complètement pété la bibliographie (n’a pas utilisé Zotero, ou a cassé les liens, ou a fait des choses innommables avec), il y a 3 possibilités :

    • soit il a utilisé Zotero, mais les références sont immondes. Dans ce cas, vous pouvez aller sur la bibliographie dans le document texte, faire « Edit Bibliography » et les modifier une à une (surtout ne pas modifier directement, sinon vos corrections disparaitront au premier rafraîchissement),
    • soit il n’a pas utilisé et vous pouvez tout refaire. Dans ce cas, je vous conseille de prendre chaque référence, les ajouter à votre bibliothèque Zotero une à une ; puis revenir sur le ficher texte et créer les références au fur et à mesure en remplacement des anciennes.
    • soit c’est un peu le bazar et/ou vous avez la flemme de tout reprendre, alors que finalement la bibliographie n’est pas si mal. Dans ce cas, voici ci-dessous une astuce que j’ai chopée quand j’ai travaillé un peu avec Prescrire pour les références (ils n’utilisaient pas Zotero).

    Admettons que vous ayez le texte suivant : « blablablabla (1,2). Pourtant, blibliblibli (3 – 6). C’est pourquoi bloubloubloublou (7).
    Références :
    1. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
    (…)
    7. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

    L’astuce consiste à mettre des symboles avant et après ces chiffres, par exemple #1#. Ca donnerait donc :  « blablablabla (#1#,#2#). Pourtant, blibliblibli (#3#, #4#, #5#, #6#). C’est pourquoi bloubloubloublou (#7#). Références :
    #1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
    (…)
    #7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

    (Notez que j’ai transformé 3 – 6 en 3, 4, 5, 6 parce qu’il faut individualiser chaque article à ce stade). 

    Ensuite, vous pouvez déplacer, supprimer, faire votre oeuvre. Par exemple…

    « blibliblibli (#3#, #6#) et bloubloubloublou (#7#). Néanmoins, blablablabla (#1#,#2#). Références :
    #1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
    (…)
    #7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

    (Notez, que j’ai supprimé des références).

    Enfin, il ne vous reste plus qu’à tout remettre au propre à la toute fin, en relisant votre article et en remplaçant chaque référence (dans tout l’article, avec un Ctrl+H) par son numéro d’apparition. Donc ici #3# devient 1, #6# devient 2, #7# devient 3, #1# devient 4 et #2# devient 5, soit :

    « blibliblibli (1, 2) et bloubloubloublou (3). Néanmoins, blablablabla (4,5). Références :
    1. Auteur 3. Titre 3. Revue Année;Volume:Pages.
    (…)
    5. Auteur 2. Titre 2. Revue Année;Volume:Pages. »

    Je vous ai déjà dit que c’était mieux d’utiliser Zotero ?

    Etape 5. Choisir l’ordre des auteurs

    Ah, l’ordre des auteurs… Pour rappel, les points SIGAPS c’est « x 4 » pour premier et dernier ; « x 3 » pour deuxième et avant-dernier ; « x 2 » pour le 3ème auteur ; « x 1 » pour les autres places.

    Ca peut batailler ou ruser pour avoir une bonne place. Quelques règles tout à fait personnelles – à vous de vous faire les vôtres :

    • le premier auteur est celui qui a le plus bossé (en temps) sur le travail : le thésard ou son directeur en l’occurrence (parfois, le temps de réécriture est vraiment important…)
    • ce n’est pas parce qu’il soumet que le directeur doit être premier auteur (j’ai soumis tous les articles de toute façon, c’est trop pénible pour être fait par un interne – sauf s’il a un projet d’universitaire…)
    • le dernier auteur est soit le directeur si le thésard est en premier, soit un PU qui a rendu le travail possible (en donnant l’accès à une base par exemple) ou qui a proposé des corrections importantes dans son champ d’étude… c’est un peu difficile à définir,
    • s’il n’est ni 1er ni dernier, le directeur doit être 2ème auteur,
    • en général, je considère que les jurys de thèse, par leur relecture et avis ayant contribué à améliorer l’article peuvent être dans les co-auteurs ; j’ai toujours fait ça, mais on m’a dit assez récemment que c’était une contribution trop modeste, donc j’y réfléchis un peu plus maintenant,
    • le 3ème auteur et l’avant-dernier, c’est quelqu’un qui a travaillé sur la thèse ; s’il n’y a pas, c’est un membre de jury ou un relecteur qui en a le plus besoin pour sa carrière universitaire, voire hospitalière (parce que les points SIGAPS c’est aussi des sous…)
    • et pas d’auteur fantôme.

    En pratique, je déroge souvent à ces règles… ^^ Et le message que je peux donner c’est attention à la place de n°2, celle que vous pouvez vous attribuer par politesse pour le thésard (en premier pour son travail passé, alors qu’il n’a pas touché à l’article après sa thèse) et les PU présents à la soutenance (place classique de dernier auteur…) Or, c’est une assez mauvaise stratégie puisque les critères CNU sont « premier ou dernier auteur » = utile ; « reste = peu utile ».
    Personnellement, je ne sais pas dire à un interne qui a vraiment bien travaillé « je vais te prendre la première place parce qu’à moi ça pourrait être utile un jour, mais pas à toi »… mais c’est ce que je devrais faire pour respecter les critères CNU et les points SIGAPS (… ou comment un système peut inciter à « minorer » la contribution d’un étudiant sur un travail).

    Etape 6. Soumettre et se soumettre

    Voilà, votre article est prêt ! Bravo ! Il ne vous reste plus qu’à soumettre…

    Deux possibilités s’offrent à vous :

    • vous êtes sur une revue un peu familiale et sympathique et vous pouvez envoyer par mail… C’est (c’était ?) le cas par exemple de la partie gériatrie de la revue Gériatrie et Psychologie, Neuropsychiatrie du Viellissement (indexée sur PubMed), de la Revue de médecine périnatale et d’Exercer (indexés hors PubMed).
    • vous êtes sur une revue avec un système de publication, comme le plus souvent (EES ou EVISE chez Elsevier, vraiment le plus classique, celui que vous êtes presque content de retrouver…)

    Sauf si vous êtes rodé, vous pouvez compter 2 bonnes heures pour soumettre un article, parce qu’il va toujours vous manquer des trucs. C’est peut-être une étape pensée pour décourager les chercheurs… Parmi ce qui va vous manquer / va falloir refaire :

    • vous ne devez pas laisser les figures et tableaux dans le texte (en général), mais juste leur titre en français et anglais
    • il faut mettre les tableaux à part OU à la fin du texte (ça dépend) et les figures à part, au format PDF
      • petite astuce : créez un fichier texte « tableaux et figures » puis vous supprimez tout sauf le tableau 1, vous faites « enregistrer sous… Tableau 1.doc », vous faites annuler, vous supprimez tout sauf le tableau 2, vous faites « enregistrer sous… Tableau 2.doc », etc.
    • le résumé en anglais si vous publiez en français (bon, surtout les premières fois, après vous allez y penser). Si vous êtes mauvais en anglais, utilisez DeepL pour la traduction, c’est plutôt efficace (vérifiez un peu quand même bien sûr…)
    • les mots-clés selon le MeSH en français et anglais (HeTop va vous sauver)
    • les affiliations de vos co-auteurs
    • 1 à 5 noms de reviewers, avec leur adresse mail et pourquoi les avoir choisi
    • la « cover letter » où vous dites en quelques lignes (10 à 15 lignes je dirais ?) pourquoi votre article mérite d’être publié dans cette revue.

    Une fois terminé, vous devez vérifier le PDF, soumettre…

    … et attendre… 1, 2, 3, 6, 9 mois parfois, c’est très variable !

    En général, les « grosses » revues ont tendance à répondre rapidement (les revues du BMJ c’est plutôt un mois ; une revue française sans IF peut mettre 6 mois ; j’ai un article qui est depuis 2 ans chez Pédagogie médicale qui s’est arrêtée en fait…)

    A noter également que certaines revues (par exemple chez PLoS) vous incitent à publier au préalable sur bioRxiv, une archive de preprints. A vous de voir si vous souhaitez que votre article soit public avant relecture par des pairs… A mon sens, pour des petits articles, ça pose plusieurs problèmes : le fait d’être spolié (même si j’y crois peu), mais surtout le fait que votre article puisse se retrouver diffusé avant relecture et amélioration par le peer-reviewing (comme ça a été le cas, sûrement sous l’impulsion des co-auteurs, pour cet article le mois dernier… dont j’avais rapidement parlé en réponse à Alexe ici)… Et puis ça contribue un peu à l’idée d’immédiateté : recherche finie, recherche diffusée, avant la relecture par les pairs, c’est un peu étrange ; c’est comme si un auteur filait son brouillon avant relecture et mise en forme par son éditeur. Sauf si vous avez une recherche révolutionnaire, ça doit pouvoir attendre 3-4 mois que le processus soit terminé (mais j’imagine que ça a un intérêt pratique important pour certaines recherches, notamment en génétique).

    Etape 7. Corriger

    Une fois le délai écoulé, vous recevez une réponse :

    • Votre article est accepté : c’est peu probable… sauf s’il n’y a pas de comité de lecture.
    • Révisions mineures : ça arrive parfois, et c’est très agréable. A quelques mots près, quelques paragraphes à déplacer, votre article va être publié. Il faut bien sûr effectuer les corrections demandées (ou à défaut si c’est infaisable, l’ajouter dans les limites de votre travail en discussion) et répondre au reviewer en le remerciant de son avis, son intérêt, et en détaillant chaque correction effectuée, point par point ;
    • Révisions majeures : en général, c’est plutôt bon signe. Les modifications vont être plus longues, mais l’article sera accepté (ou en révisions mineures) au prochain tour.
    • Votre article est refusé : ça arrive souvent ; allez voir ailleurs sans vous décourager, en reprenant à l’étape 3 ou 5. Souvent il y a quand même des commentaires sur les raisons du revue si c’est allé jusqu’au comité de lecture, ça peut vous aider à améliorer l’article.

    Etape 8. Valider (toujours), payer (parfois), diffuser (partout)

    Supposons que votre article ait été accepté. Si c’est le cas, vous allez recevoir des mails. Si vous avez publié chez Elsevier, vous ferez connaissance avec Kir Kaur (la personne dont vous adorerez recevoir des mails). Il faut penser à lire ces mails, pour valider (encore une fois) le fait que votre travail est bien original, n’a pas été effectué pour un gouvernement, respecte les bases éthiques en vigueur, ce genre de choses.

    Vous devez aussi remplir un document pour dire si oui ou non vous voulez des tirés à part (la réponse est non, car vous aurez le PDF et qu’il ne faut pas exagérer non plus). Vous pourrez éventuellement choisir pour diffuser votre article en Open Access (c’est donc le chercheur qui paie pour que la revue diffuse librement son article au plus grand nombre, au lieu que le lecteur paie pour avoir accès). Enfin, il est possible que vous receviez une facture, comme prévu avant dans les recommandations aux auteurs, si vous avez dépassé le nombre de pages notamment.

    Enfin, une fois votre article accepté, il sera en pré-publication, vous recevrez sûrement un PDF (pas toujours), il sera accessible sur internet… Ca sera l’occasion de le diffuser sur vos réseaux sociaux ou professionnels. Je vous incite justement à vous inscrire sur ResearchGate, qui est une sorte de « Facebook » des chercheurs (sans groupe gilet jaune ^^’) où vous pouvez ajouter vos PDF de façon privée ou publique, et les partager avec ceux qui le souhaite. C’est un bon moyen de diffuser vos travaux, montrer ce que vous faites et voir ce que font les autres (ça et les congrès bien sûr… ;-))

    Par ailleurs, en général, vous recevez une invitation à partager librement votre article pendant quelques jours (par exemple chez Elsevier, c’est ce courriel).

    Partagez pendant 50 jours !

    Partagez pendant 50 jours !

    Etape 9. Remercier votre éditeur…

    Après tout ça, l’éditeur vous enverra un questionnaire de satisfaction, ainsi qu’aux relecteurs bénévoles. Vous pouvez le remplir si vous le souhaitez, mais ne vous en sentez pas obligés non plus. Pour rappel, Elsevier (par exemple) :

    • reçoit gratuitement des articles par des chercheurs A, B, C respectivement
    • en publie les meilleurs (après sélection gratuite par les chercheurs B, C, A respectivement)
    • les fait payer aux chercheurs C, A, B respectivement, avec des coûts exorbitants
    • puis demande aux chercheurs A, B, C ce qu’ils pensent du processus et comment améliorer le travail de B, C et A…

    Evidemment il y a plus que 3 chercheurs, mais globalement, on tourne quand même pas mal en rond, et sur la tête… Il y a d’ailleurs une manifestation sur le coût de la connaissance.

    Etape 10. … et recommencer

    Voilà, vous avez diffusé de la connaissance et un travail de recherche. Avec un peu de chance, il sera cité une ou deux fois (ou beaucoup plus si vous avez publié un travail d’importance majeure, ce qui est rarement le cas… en ce qui me concerne en tout cas ! :D) Vous pouvez penser au travail suivant qui méritera d’être diffusé. A la fin, vous y prendrez peut-être même un peu goût… 😉

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      Itinéraire d’un article publié (1/2) : pré-requis

      Après les précédents billets sur le calendrier de l’avent du Netophonix en cours (et que je continue à vous recommander ^^), retour à la médecine 🙂 Commençons par deux sites d’intérêt récemment découverts, à ajouter à la liste précédente :

      • le génial MedicoSport de Vidal, qui liste pour les principales activités physiques les bénéfices attendus, les risques, le niveau de fun ou technicité… C’est très bien fait, je l’ai même inclus de base sur mes certificats de sport (je le laisserai parfois, ou je supprimerai – en tout cas, ça me fera penser à aller consulter le site, car c’est toujours le problème quand on trouve de bons sites, parfois on les oublie…) https://www.vidal.fr/infos-sport-medicosport-sante/
      • un site-appli pour utiliser la liste Stopp & Start, à utiliser soit de façon systématique (dans le cadre d’une thèse ? ;)), soit de façon ponctuelle pour quelques patients aux lourdes ordonnances : http://stoppstart.free.fr/ C’est le travail de thèse du Dr Anne Frey-Geoffret de Versailles, présenté ici.

      Bien, sinon le sujet du jour (et de la semaine prochaine) est l’itinéraire d’un article. Je parle ici à partir de mes petites expériences, dans des journaux n’ayant souvent pas de grandes prétentions. Soit vous connaissez déjà et ça va vous amuser, soit vous ne connaissez pas et ça va sans doute vous sembler un peu sordide.

      Tout commence par une idée…

      De cette idée peut naître une thèse ; de la thèse peut naître un article.

      Supposons que la soutenance de thèse, telle la guerre de Troie, a bien eu lieu… Vous voici désormais avec un document a priori bien présenté, avec des références qui fonctionnent, le tout assez proche d’un article si vous avez suivi ce billet par exemple. Dans mon expérience (n = 34), sans contrat préalable passé entre le directeur et le thésard à ce sujet, moins de 10% des thésards vont écrire eux-mêmes un article… ça sera donc au directeur (vous ?) de s’y coller s’il pense que la recherche menée présente un intérêt pour d’éventuels lecteurs (oui, parce que bon, sinon c’est assez peu utile et motivant). Il y aura alors plusieurs étapes à respecter.

      Pré-requis. Connaître votre objectif de vie (et 2-3 mots-clés). 

      Si votre objectif est d’être universitaire, il y a des critères à respecter, disponibles sur le site du CNU. Par exemple, pour la médecine générale (sous-section 53.03), il faut 5 articles dont au moins 2 dans les revues de médecine générale (= Exercer principalement, le message est très clair) et 3 dans une revue avec un impact factor (IF) supérieur ou égal à 1.

      Critères CNU concernant les publications pour être MCU de médecine générale (il y a des critères cliniques, enseignements...)

      Critères CNU concernant les publications pour être MCU de médecine générale (il y a des critères cliniques, enseignements…)

      Pour d’autres sous-sections, ça sera 3 articles en premier auteur dans les revues de la discipline ; 5 articles originaux en premier, deuxième, avant-dernier ou dernier auteur, dans des revues rangs SIGAPS A ou B ; etc. Il y autant de critères que de sous-section.

      Si votre objectif est de publier pour diffuser et valoriser les travaux que vous avez fait ou accompagné, il y a trois choses importantes.

      1 – Est-ce que votre article est formidable et peut être publié dans une revue avec un IF furieusement haut ?

      On parle ici par exemple des revues de rang SIGAPS A ou B :

      • NEJM (IF à 79,258)
      • Lancet (IF à 53,254)
      • JAMA (IF à 47,661)
      • Nature Medicine (IF à 32,621)
      • BMJ (IF à 23,295)
      • et tant d’autres : PLoS Medicine, American Journal of Preventive Medicine, Am J of Spots Medicine, Cell, Chest, Alzheimer’s and Dementia, Blood, Gut, Haematologica, Heart, etc.

      Si oui, d’une part, allez-y et bonne chance ; d’autre part, vous n’avez rien à apprendre ici, merci d’être passé !

      2 – Sinon, est-ce que vous voulez que votre article modeste puisse être facilement retrouvé demain ? 

      Si oui, il faut vous tourner vers les revues indexées, et en priorité les revues indexées sur MEDLINE (PubMed).

      A défaut, vous pouvez vous tourner vers des revues indexées sur d’autres bases, telles que Web of Science de Clarivate Analytics (depuis 2018, Exercer est indexée sur cette base, qui peut par exemple être retrouvée via le moteur de recherche français LiSSa, et lui permettre d’être « NC » sur SIGAPS – au lieu de ne pas y apparaître).

      Si vous vous en fichez, vous pouvez vous tourner vers des revues non indexées.

      3 – … ou est-ce que vous voulez que votre article modeste soit lu aujourd’hui ?

      Dans ce cas, les journaux français de spécialité sont intéressants, quelque soit leur IF. Citons par exemple :

      • Thérapie (… qui en plus a un IF à 1,52, , SIGAPS D) à laquelle sont abonnés les centres de pharmacovigilance
      • Revue d’épidémiologie de santé publique (IF à 0,716, SIGAPS E)
      • Revue de pneumologie clinique (IF à 0,343, SIGAPS E)
      • Progrès en urologie (IF à 0,819, SIGAPS E)
      • L’Encéphale (IF à 0,599, SIGAPS E)
      • Annales de cardiologie et angiologie (pas d’IF, SIGAPS NC)
      • Exercer (pas d’IF, SIGAPS NC)
      • etc.

      A priori, personne en France n’est abonné à « American Journal of Alzheimer’s disease and other dementias » (IF = 1,774). L’article sera lu par les gens qui chercheront la thématique en lien avec votre article : il sera sûrement lu (demain), mais probablement moins aujourd’hui que si vous le publiez dans l’Encéphale ou dans Exercer.

      Quelques définitions : 

      J’ai parlé d’impact factor (IF) et SIGAPS, qui sont les deux principaux outils de bibliométrie utiles en France. Les spécialistes de bibliométrie diront qu’il en existe d’autres : CiteScore, Source Normalized Impact per Paper SNIP, SCImago Journal Rank SJR, etc. Mais faisons simple : soit vous voulez être universitaire et ce qui compte en 2018 c’est encore très majoritairement IF et SIGAPS ; soit vous ne voulez pas être universitaire et dans ce cas, vous vous en fichez (sauf si vous êtes un spécialiste de bibliométrie ^^)

      L’IF, c’est le rapport suivant : « nombre de citations des articles des années N-1 et N-2 » / « nombre d’articles des années N-1 et N-2 ». Une revue avec un IF à 1, ça signifie qu’en moyenne, ses articles des 2 dernières années ont été cités une fois. Je vous laisse imaginer toutes les possibilités de perversion de ce système, en matière d’auto-citations, de choix éditoriaux ou de choix de recherches que ça peut impliquer ; si vous manquez d’imagination, la page Wikipedia sur l’IF est assez complète.

      Le score SIGAPS (Système d’Interrogation, de Gestion et d’Analyse des Publications Scientifiques) est un score Lillois (cocorico) qui a plusieurs buts :

      • gommer les injustices : si vous êtes en médecine générale, en informatique médicale, en médecine du sport ou des données assez généralistes, l’IF des revues de référence est assez faible ; à l’inverse, si vous êtes en génétique, en cancérologie, les articles ont tendance à être cités et recités, et vos revues de référence ont des IF plus élevé (c’est un peu caricatural évidemment).
      • synthétiser la recherche effectuée par un chercheur, par une unité de recherche ou un établissement…
      • guider la part « Publications » de la part modulable du financement MERRI (missions d’enseignement, de recherche, de référence et d’innovation) auxquelles sont éligibles les centres hospitaliers (pas les généralistes, merci pour eux)… C’est environ 60 % de la part modulable et 1/4 du financement MERRI.

      Je sais, ça n’est pas très clair. Mais j’y viens. Quand vous publiez dans une discipline (« médecine générale », « psychiatrie », « pneumologie »…), vous publiez dans une revue qui peut être parmi les plus hauts IF de cette spécialité ou les plus bas (voire non indexé). Cet « IF dans la discipline » donne une lettre SIGAPS :

      Dans chaque discipline, 10 % des revues ont un rang A, 15 % un rang B, 25 % un rang C, 25% un rang D, 25 % un rang E, le reste est NC (uniquement si indexé mais sans IF)

      Pour gommer les injustices, dans chaque discipline, 10 % des revues ont un rang A, 15 % un rang B, 25 % un rang C, 25% un rang D, 25 % un rang E, le reste est NC (uniquement si indexé mais sans IF)

      Ensuite, pour connaître le nombre de points SIGAPS apporté à un auteur par une publication, il faut faire le produit du (rang de la revue) x (place de l’auteur), selon les points suivants (on se croirait un peu à la belote, je sais) :

      • Rang A = 8 points ; Rang B = 6 points ; Rang C = 4 points ; Rang D = 3 points ; Rang E = 2 points ; Rang NC = 1 point
      • 1er auteur = 4 points ; 2ème auteur = 3 points ; 3ème auteur = 2 points ; avant-dernier auteur = 3 points ; dernier auteur = 4 points ; autres places = 1 point

      Par exemple, si vous publiez dans le NEJM comme premier auteur, c’est la cagnotte : 32 points SIGAPS (8 x 4) pour vous ! Si vous publiez dans Exercer comme avant-dernier auteur, vous avez 3 points (rang NC = 1, multiplié par 3 points de la place avant-dernier). Ou si vous publiez comme premier auteur dans un rang E (4 x 2 = 8 points), c’est pareil que si vous publiez comme auteur « sans rang utile » (entre 4 et avant-avant-dernier) dans un rang A (1 x 8 = 8 points). Si vous voulez en savoir plus, cet article est très clair.

      Le score a évidemment été détourné rapidement en 2015, avec l’introduction de nouveaux critères CNU pour le recrutement de MCU et PU dans certaines spécialités (radiologie, réanimation, néphrologie, etc.) sur des scores respectifs de 200 et 400 points SIGAPS. La médecine générale, à raison, n’a pas retenu le score SIGAPS dans ses critères comme montré plus haut, pour une raison simple… voici les scores SIGAPS A et B (38 premières revues sur les 155 classées comme « médecine générale ou interne » sur le Journal of Citation Reports) :

      Aucune revue française

      Le rang A s’arrête à la revue 16 (IF > 5). Aucune revue française sur les rangs A et B.

      Enfin, comme dit plus haut, les points SIGAPS permettent de répartir l’enveloppe modulable « Publications » du MERRI (environ 500 millions d’euros par an). Entre 2004 et 2014, 192 886 articles ont été publiés (article du 30 novembre…). Selon le rythme de publications, le point SIGAPS peut varier un peu, mais globalement, 1 point = 500€. Donc 1er auteur dans une revue de rang E = 8 points = 4 000€ pour l’hôpital.

      Une fois ces notions connues, nous verrons mardi prochain quelques réflexions et astuces sur « comment publier ».

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