Le blog de Michaël

Dans le billet précédent, je dis qu’il faut tout sourcer et revenir autant que possible aux « sources » des informations (et pas un chiffre repris en 2024 par les autorités sur la base d’une étude de 1981)…

Mais souvent, les principaux moteurs de recherche (notamment PubMed — ou Google Scholar, JSTOR ou autre) ne vous donneront accès qu’aux références et à l’abstract. Un lien permet d’accéder à l’article via le site de l’éditeur ou votre bibliothèque… mais pas toujours.

Faisons le point sur les situations existantes et tentons de répondre à la question : « comment récupérer les textes complets » ?

Accès libre ou accès payant

Le nombre de l’édition scientifique est partagé entre absurdité et scandale. J’en ai parlé dans ce billet sur les revues prédatrices. Pour faire court, les chercheurs ont deux possibilités :

• payer pour lire des articles en accès payant que des chercheurs ont financé, écrit, et corrigé sur l’avis formulé bénévolement par d’autres chercheurs ;
• ou payer pour que leur article écrit, corrigé sur l’avis formulé par d’autres chercheurs… soit mis en accès libre pour les autres chercheurs.

Dans les deux cas, l’éditeur est le grand gagnant… en prenant l’argent des chercheurs, ou plus largement de la population (sur les fonds de la recherche).

Si l’accès est libre (Open Access), le chercheur a payé quelques milliers d’euros/dollars pour que tout le monde puisse lire le fruit de son travail : pas de problème pour vous, lecteur, donc ! Sur PubMed, à droite, dans « Full Text Links », vous trouverez l’accès.

Mais si l’accès est payant… et bien ça va vous coûter 30-50€ par article, et c’est un budget. Nous pouvons donc chercher d’autres moyens d’y accéder.

Accès via des abonnements de bibliothèque

Les universités s’abonnent généralement à quelques revues : avec vos identifiants de l’université, vous pourrez avoir quelques accès supplémentaires. Là encore sur PubMed, à droite, dans « Full Text Links », vous trouverez l’accès.

Petit aparté : rappelons à nouveau ici que les sites des bibliothèques sont riches en ressources (par exemple ici celle de l’université de Lille). Le format papier existe toujours au sein de la bibliothèque et peut être emprunté ou photocopié… ça demande toutefois du temps, et semble un peu désuet à l’heure du tout numérisé sur internet ! Ca reste néanmoins une option à considérer : votre bibliothèque peut aussi emprunter des documents dans d’autres (prêt-entre-bibliothèques).
La Bibliothèque Nationale de France (BNF) permet aussi des accès à des ressources (vous pouvez souscrire à un pass à un prix modeste, qui vous donne un large accès à la presse !). Pour simplifier la navigation, vous pouvez aussi utiliser le site non affilié easybnf.fr.

Si vous n’avez pas accès par ce biais légal, ça se complique…

« On m’a parlé de Sci-hub » ?

Oulà, je vous arrête tout de suite, vil personnage : Sci-Hub est une bibliothèque « clandestine » : un site web qui un accès libre à plus de 80 millions d’articles publiés avant 2022 ! Sci-Hub a été fondé en 2011 par Alexandra Elbakyan, la « Robin des Bois » de la science moderne, volant les articles scientifiques aux éditeurs pour rendre au public. Elle décrit ses motivations sur son site, à l’onglet « Elbakyan » ; le Monde a comparé son site au « Pirate Bay » de la recherche scientifique.

Le site a régulièrement été désactivé, mais a été repris avec d’autres extensions de domaine, mises à jour sur la page wikipedia de Sci-Hub (on lit par exemple que sci-hub.se, .st et .ru fonctionnent actuellement, mais plus .cc, .bz, .ac, .tw, etc.).

Devant cette course à l’échalote du blocage d’extension, en France, les fournisseurs d’accès internet ont été obligé de bloquer ce site. Ainsi, vous n’aurez pas de possibilité d’accéder à sci-hub.se, si vous n’êtes pas dans l’une des 3 situations suivantes :

• vous utilisez le navigateur gratuit Tor Browser
• vous utilisez un VPN
• ou vous utilisez Google Chrome et dans Réglages > Confidentialité et sécurité > Sécurité > Paramètres avancés, vous avez activé « utiliser un DNS sécurisé » avec par exemple pour fournisseur DNS « Google (public DNS) » (ou tous les autres, ou en modifiant votre DNS en CloudFlare DNS 1.1.1.1.).

Pour récupérer un article par ce biais, il suffit de récupérer le DOI ou le PMID sur PubMed (ou sur le site de l’article…), et le copier :

• soit le DOI ou le PMID dans la barre de recherche sur sci-hub
• soit le DOI à la suite de l’URL (sci-hub.se/xxxxxxxx où xxxxxxxx est le doi évidemment).

Je n’ai bien sûr jamais eu recours à ce type de piratage ; d’ailleurs, si j’ai cité Alexandra Elbakyan dans mes remerciements de thèse d’université, c’est uniquement pour saluer le courage de cette scientifique, qui a accepté de mettre la moralité devant la légalité.

Pour information, LibGen (Library Genesis) est une autre bibliothèque clandestine dont l’URL change régulièrement, mais peut être retrouvée sur sa page Wikipedia. Elle est plus difficile d’accès sans VPN…

Je n’ai trouvé l’article nulle part…

Hum humm, je vois. Il existe d’autres solutions, plus aléatoires :

• Essayer sur Google Scholar, qui retrouve parfois le PDF ailleurs ;
• Chercher directement sur le site de la revue (notamment pour un vieil article qui a peut-être été mis en ligne sans le lien sur PubMed) ;
• Installer l’extension PaperPanda sur Google Chrome (mais ça ne fonctionne pas aussi souvent que Sci-hub) ;
• Lancer une bouteille à la mer avec le hashtag #ICanHazPDF sur Twitter, ou sur /r/Scholar sur Reddit ;
• Chercher l’article sur ResearchGate, un réseau de chercheurs, et demander à l’un des auteurs de vous le fournir par message privé ;
• Demander à l’auteur correspondant par mail (chaque article à un auteur correspondant, dont les coordonnées sont accessibles notamment sur PubMed).

Et si vraiment rien de tout ça ne fonctionne… cherchez une autre référence !

Dès que vous avez choisi (même vaguement) votre thème, ouvert votre « modèle de thèse », préparé le (premier) canevas des informations que vous rechercherez et compléterez… il va être temps de creuser votre sujet. On va donc quitter (un peu) la forme pour le fond ! C’est l’objet des billets à venir.

La première chose indispensable à faire est d’installer un logiciel de gestion de références bibliographiques… Ce cavalier qui surgit hors de la nuit s’appelle Zotero.
Je ne parlerai uniquement que de ce logiciel libre, open-source, existant en français. Il existe des alternatives à Zotero : Mendeley (gratuit également mais en anglais et détenu par Elsevier), EndNote (payant avec une licence étudiant autour de 125€), etc.

Comme dit hier, tout doit être sourcé — comme dans un « article de qualité » sur Wikipedia, à ceci près que vous avez EN PLUS l’exigence d’utiliser des articles scientifiques autant que possible.

L’ASTUCE « SPEEDRUNNER SA THÈSE »
Je le re-re-re-redis mais ne faites pas de brouillon et mettez directement les informations utiles dans votre thèse au bon endroit pré-établi… avec la source ! Si vous lisez de nombreux documents en prenant des notes rapides sur un brouillon, vous risquez de galérer à retrouver la bonne source à vos informations (notamment si vous l’avez lue plusieurs fois). L’avantage d’écrire directement (et avec source) est que vous ne perdrez rien ET vous vous verrez avancer très concrètement ! En vous rappelant que votre thèse-article doit faire 10-15 pages, votre problème va rapidement être de vous limiter en synthétisant vos informations et en visant une amélioration constante de la qualité au fil des révisions.

Installer et paramétrer Zotero

La première étape consiste à aller sur la page « download » du site Zotero.org depuis le navigateur que vous utiliserez pour votre recherche bibliographique. Vous pouvez télécharger (et installer) le logiciel (« standalone ») ainsi que le connecteur pour navigateur (une extension).
L’installation du logiciel installe également un plug-in dans Word, LibreOffice, Google Docs — vous y retrouverez un onglet « Zotero ». En cas de non-installation, vous pouvez consulter cette page.

La deuxième étape est de prévoir une sauvegarde de votre bibliothèque. Lancez Zotero > Préférences > Synchronisation, créez-vous un compte gratuit et cochez « synchroniser automatiquement » et « synchroniser le texte intégral des pièces jointes indexées ». Cela vous permettra d’avoir accès à votre bibliothèque partout et la récupérer en cas de destruction massive, brutale et inattendue de votre ordinateur 1 mois avant de rendre votre thèse (d’où l’intérêt d’avoir des sauvegardes régulières de votre thèse — sur clé USB, disque dur externe, en vous l’envoyant par mail, sur un Drive ou ce que vous voulez).

Utiliser Zotero

Ensuite, partez à l’aventure :

• sur le logiciel Zotero, créez soit un dossier local « thèse » (Fichier > Nouvelle collection…), soit un dossier partagé, notamment avec votre directeur s’il utilise Zotero (Fichier > Nouvelle bibliothèque > Nouveau groupe — cela vous mènera à la page « création d’un groupe » sur le site, après vous être connecté avec les identifiants créés ci-dessus lors de la deuxième étape).
• dans votre navigateur, quand un article vous intéresse, cliquez sur le connecteur « save to Zotero » dans votre navigateur. Il s’intègre automatiquement dans votre dossier.
• vous pouvez le vérifier sur le logiciel Zotero :
  • si votre fichier est un article (notamment depuis le résumé sur PubMed, la page de l’article, Sudoc, etc.), les informations doivent bien s’intégrer ;
  • si votre fichier est un PDF (par exemple de la HAS, un article Exercer, etc.) ou autre (médias, etc.), vous pouvez tenter un clic droit dans Zotero > Récupérer les métadonnées… mais souvent c’est un échec. Il faudra donc faire un clic droit > Créer un document parent et soit saisir le DOI, PMID, ISBN… soit cliquer sur Saisie manuelle et rentrer nom de l’article, nom des auteurs, date, URL a minima.
• dans Word (ou LibreOffice, Google Docs), quand vous souhaitez sourcer une phrase, allez dans Zotero > Add/Edit citation.
  • lors de la première utilisation sur votre fichier, une fenêtre « Préférences » va s’ouvrir pour demander le « Style de citation » (vous pourrez y revenir en cliquant sur « Préférences »). Généralement les facultés réclament un format Vancouver, que vous retrouverez tout en bas ; vous pouvez opter avec l’avis de votre directeur sur un autre format (notamment si vous projetez de publier votre thèse ensuite).
  • une petite fenêtre en largeur s’ouvre en vous incitant à « saisir un titre, un auteur et/ou une année pour rechercher une référence« . Vous pouvez ensuite cliquer sur la bulle (ou appuyer sur ↓/Espace pour afficher des options de citation : numéros de pages notamment). Vous cliquez sur Entrée… et c’est bon !
  • si votre phrase nécessite plusieurs sources, il faut mettre plusieurs références à la suite dans dans la petite fenêtre en largeur ; si vous avez déjà validé la première, vous pouvez vous positionner sur la référence dans votre fichier (et pas à côté) et cliquer sur « Add/Edit citation » pour… l’éditer et ajouter les références suivantes. En bref, cela doit donner (1;2) ou (1-4) et pas (1)(2) ou (1)(2)(3)(4).
• toujours dans Word (LibreOffice, Google Docs), vous pouvez afficher vos références dans la section « références bibliographiques » de votre fichier : il suffit d’y cliquer sur Add/Edit Bibliography.
• maintenant, si (comme je vous l’ai déjà recommandé) vous n’écrivez pas dans un ordre linéaire, ou si vous déplacez des paragraphes entiers… il vous suffira de cliquer sur « Refresh » pour que « blablabla (1), mon directeur m’a fait déplacer ce paragraphe (8;10), au secours tout est cassé (2-7), que vais-je devenir (9) »… se transforme en « blablabla (1), mon directeur m’a fait déplacer ce paragraphe (2;3), au secours tout est cassé (4-9), que vais-je devenir (10) ». LA MAGIE OPÈRE !
• Ne cliquez jamais sur Unlink citations, sauf si on vous le demande expressément à la toute fin lors de la soumission à une revue.
• Enfin, si vous souhaitez changer votre style de citation (par exemple avoir des références entre crochets [3] ou en exposant³, avoir 3 ou 6 auteurs, etc.), notamment pour publier dans une revue, vous pouvez télécharger de nouveaux styles sur la page dédiée. Vous pourrez y trouver Exercer, Thérapie, Presse Médicale, etc. : il suffit de cliquer dessus, et « Add citation style to Zotero ». Là aussi, LA MAGIE EST UNE CHIRURGIENNE : c’est très pratique si vous soumettez à une 5ème revue après avoir été refusé par les 4 premières, pour vous éviter de sans cesse tout refaire à la main et fondre un fusible.

Comme vous le voyez, c’est assez simple : même si vous êtes du genre à monter un meuble ou un four sans regarder la notice, « parce que je préfère trifouiller, de toute façon c’est toujours les mêmes trucs », ça ira. Et si jamais vous êtes perdu (ou que vous lisez systématiquement les notices en entier avant de toucher quoi que ce soit), que mon bref rappel ci-dessus ne suffit pas, que votre directeur ne sait pas vous dépanner, voici quelques aides :

• la documentation officielle de Zotero (en anglais) : https://www.zotero.org/support/start
• la documentation en français : https://docs.zotero-fr.org
• les tutoriels vidéos de DocToBib (il y a Zotero, mais aussi PubMed, etc.)
• le tutoriel écrit d’Emmanuel Chazard ou sa version vidéo
• les formations en ligne par INRAE, la BIU santé (avec les versions vidéo ici) etc.

En général, les bibliothécaires de BU organisent aussi des sessions de formations présentielles à Zotero (par exemple ici à Lille).

Demain, nous parlerons des recherches bibliographiques !

LE MOT POUR LE DIRECTEUR
L’intérêt d’un dossier partagé (bibliothèques de groupe) est triple :
– intégrer vous-mêmes de nouvelles références (plus rapide et efficace que dire à l’interne « voici la référence à aller chercher ») ;
– corriger ou expliquer comment corriger s’il y a des problèmes (de fond ou de forme) que vous identifiez dans la section « références bibliographiques » ;
– après la thèse, si l’étudiant ne souhaite pas poursuivre et que vous souhaitez envoyer l’article à une revue (avec son accord évidemment !), cela vous permettra d’avoir accès aux références pour corriger d’éventuels problèmes résiduels.

Après les billets sur « estimer la longueur d’une thèse« , « se rassurer sur l’originalité« , « trouver un sujet« , « écrire directement sans brouillon« , « utiliser un modèle pré-formaté avec un plan générique » et « connaître les bases pour la typographie et les fonctions utiles sur Word« , nous allons aujourd’hui nous terminer cette première grande partie sur la rédaction par le caractère scientifique… tout en maintenant un certain style agréable à lire ! Votre but est de produire un document clair (sans ambiguïté), facile à lire et à comprendre.

Attention, tout ce qui sera dit ici ne sera pas consensuel ! C’est impossible de l’être parce qu’il y a quasiment autant de règles que de revues… Pour illustrer, je vous listerai en fin de billet quelques personnes (ou organismes) qui ont déjà proposé des guides.

Rendre votre texte scientifique

La rédaction scientifique n’est pas de la grande littérature… néanmoins, vous avez le droit de rendre un travail agréable à lire.

Même si c’est vrai, on évitera une phrase telle que « Il est à déplorer malheureusement que tant de personnes sont atteintes de démence de nos jours » mais plutôt : « En France, 1,2 millions de personnes seraient atteintes de troubles neurocognitifs en 2019 [1]« .

Voici quelques règles simples pour rendre votre texte « scientifique » :

• Répétez le même mot (ou concept) plusieurs fois dans le même paragraphe s’il le faut, plutôt que de lui trouver des synonymes ; privilégiez des constructions symétriques lorsque ça s’y prête (même si cela entraîne des répétitions qui ne sont pas très littéraires) ;
• Précisez : limitez les approximations, précisez les dates (années) plutôt que dire « actuellement », privilégiez des chiffres précis (avec leur indicateur de dispersion – écart-type, quartiles, intervalles de confiance…)
• Sourcez… : soyez scientifique en sourçant tout ce que vous affirmez ! Un modèle idéal c’est un « article de qualité » sur Wikipedia : toute affirmation est sourcée (avec en plus pour vous l’exigence que cette source soit autant que possible un article publié dans une revue scientifique).
• … en utilisant la bonne source : votre thèse-article étant courte, tout doit être de qualité.

L’EXERCICE D’ILLUSTRATION : À LA RECHERCHE DE LA SOURCE PERDUE
Sur ce dernier point, je vous propose un exercice amusant : déterminer le nombre d’angines en France. (Je l’ai fait sur ce fil Twitter).
Si vous cherchez sur Google, vous trouverez sur Santé Publique France, sur Santé.fr, sur Assurance Maladie qu’il y a 9 millions d’angines par an en France (et que les médecins ne font que 1,5 millions de TROD, dénonce le directeur de l’Assurance Maladie, car ahlala ces généralistes, je vous jure, on a les chiffres hein).
Mais que valent ces chiffres ? Si vous cherchez un peu, vous finirez par retrouver un article de 1997 qui vous mènera à une conférence de 1991 (par l’Association pour la Formation Continue en Pathologie Infectieuse) affirmant que « plus de 8 millions d’angines sont survenus en France en 1990″… sans source ! Ils évoquent simplement que 1,3 séances médecins/100 leur étaient consacrées en 1981. A priori, il était recommandé de traiter chaque angine par antibiotique, ils ont donc considéré qu’à l’époque 100 % des angines étaient bien diagnostiquées et traitées…
Donc en 2024, toutes les plus grandes institutions françaises sur la santé reprennent un chiffre de 1981 sans source, et basent leur prise en charge dessus (on se souviendra que Gabriel Attal annonçait qu’il libérerait 15 millions de consultations par an, notamment avec les TROD délégués aux pharmaciens chez les personnes de plus de 10 ans). Apparemment, 55,4M d’habitants (1981), 58M (1991) ou 68M (2024), ça ne change rien sur la prévalence des angines !
En pratique, feu l’observatoire de médecine générale de la SFMG indiquait en 2009 que 3175 des 68188 patients inclus consultaient pour « angines et pharyngites »… soit 4,66 % (quand je vous disais que 1,3 % au-dessus c’était très peu !). En extrapolant aux 243 millions d’actes de médecine générale en 2022, 1,3 % d’angines ferait 3,2M d’angines ; 4,66 % feraient 11,3M d’angines et pharyngites.
Sur la base d’études de 1988-2002, l’OMS a estimé que dans les pays développés, l’incidence serait de 15 % en enfants-années (pour les 5-14 ans) et 4 % en adultes-années ; si on utilise les chiffres Insee 2024 avec 15 % de 7,8M (2/3 des 11,7M de 0-15 ans) + 4 % de 56,7M… nosu avons à nouveau 3,4M d’angines symptomatiques par an.
Ces 3,2-3,4M d’angines sont des chiffres imparfaits, mais qui se rapprocheraient davantage du nombre de TROD utilisés (1,5M)…
Le message c’est : cherchez la source et n’hésitez pas à tout remettre en question, même si Santé Publique France, l’Assurance Maladie et le gouvernement vous assurent qu’ils ont raison… sans preuve !
Et évidemment, si vous demandez à une IA, elle vous sortira 9 millions avec les principales sources Google… et beaucoup d’aplomb face auquel vous devrez redoubler d’esprit critique !

Garder une certaine exigence littéraire

Bien que l’écriture scientifique ne permette pas de faire du Proust ou du Zola, vous pouvez tout de même viser un texte final de qualité, simple, clair et agréable à lire.
Je parle ici du texte final : comme dit avant, vous pouvez écrire « au kilomètre » pour un premier jet moche, ce n’est pas grave, c’est normal et c’est même très bien… comment atteindre la perfection si on ne part pas de la « non-perfection » ? 😉
C’est la réécriture qui permettra d’améliorer… mais pour réécrire, il faut déjà avoir écrit ! Si vous bloquez au stade de l’écriture, je vous renvois aux premiers billets sur le choix de sujet, sur la structure et longueur de la thèse, etc.

Lors de la réécriture, voici quelques grandes idées pour que le texte soit agréable à lire :

• Epurez : préférez les phrases courtes, limitez les adverbes, les double négations et les phrases creuses et mots vagues (« il a été noté que », « il y avait », « généralement »…) ;
• Simplifiez : utilisez des mots simples, mettez les mots clés (dont verbes) en début (ou fin) de phrase, optez pour des constructions simples (sujet-verbe-complément) autant que possible ; exprimez les choses simplement pour que ça soit facile à comprendre — votre but n’est pas de fatiguer le lecteur mais qu’il trouve votre travail intéressant ;
• Construisez votre propos de façon logique : enchaînez vos idées de façon évidente d’un point de vue temporel (les causes puis les effets, etc.)
• Organisez pour clarifier : la clarté viendra de votre organisation préalable comme évoqué les jours précédents (écrire le squelette de votre thèse, aller chercher les informations utiles puis écrire — appelez ça « feuille de route », « squelette », « modèle détaillé », « synopsis », peu importe). Cela peut se rapprocher de la méthode d’écriture itérative du « flocon de neige » (vous partez d’une phrase en 15 mots, secondairement détaillée en un paragraphe résumé, qui sera lui-même détaillé phrase par phrase en paragraphes plus détaillés, à l’image des ramifications d’un flocon lorsqu’on zoome dessus) ;
• Ecrivez rapidement les idées clés (take-home messages et autres lignes mémorables) : comme en fiction, c’est souvent plus facile d’écrire en connaissant la fin, ce qui permet de tout rédiger pour amener vers cette fin… ;
• Rédigez un paragraphe pour chaque sujet : un paragraphe = une idée… qui doit arriver rapidement et simplement ;
• Privilégiez la voix active (ce qui implique d’avoir recours à des « nous » en français — ce qui n’est pas consensuel) ; par exemple, « nous avons inclus 150 patients » plutôt que « 150 patients ont été inclus » ;
• Limitez les négations : « il n’est pas autorisé de conduire à gauche » est moins bien que « il est interdit de conduire à gauche » ;
• Supprimez les mots inutiles — notamment des adverbes ou des phrases creuses (« il a été noté que », « il est notoire que », etc.) ;
• Evitez les abréviations, sauf si elles sont connues (MG pour médecin généraliste, ça passe ; MGL / MGS pour médecin généraliste libéral / salarié, ça complique la lecture pour ne faire gagner que du temps de rédaction — ce dont se fiche le lecteur !). Dans tous les cas, la première occurrence de l’abréviation doit être en toutes lettres suivi de celle-ci entre parenthèses.
• Exprimez les idées coordonnées dans une forme similaire (on revient sur l’idée de phrases symétriques évoquée plus haut : « j’ai appris la trompette ; j’apprends maintenant le piano » est plus simple à lire que « j’ai appris la trompette, et maintenant le piano m’est enseigné »… ou encore cette présente « liste de grandes idées » qui commence systématiquement par un verbe)
• Traquez les verbes « faibles » (avoir, être, etc.) et utilisez les noms ou adverbes prévus lors du premier jet rapide pour en faire des verbes « forts ». Une façon pertinente de se relire est de ne lire… que ses verbes !
  • Par exemple : « le taux de 20 % en 2020 est passé à 30 % en 2024″ -> « le taux a augmenté de 20 à 30 % entre 2020 et 2024″
  • Ou : « Il y avait (ou notre travail montre) une amélioration des douleurs à J7 sous paracétamol » -> « le paracétamol a amélioré les douleurs à J7″.
  • Ou encore : « Un débat sur les retraites a eu lieu hier à l’Assemblée, dans une session que les parlementaires ont pris la décision d’écourter » -> « Les parlementaires de l’Assemblée ont débattu hier sur les retraites, dans une session qu’ils ont décidé d’écourter »
• Débutez fort : le lecteur retiendra surtout le début et la fin de l’article, soignez les. C’est la même chose dans chaque sous-section, et mêmes dans chaque phrase : mettez le verbe tôt dans la phrase, proche du nom, pour faciliter la compréhension.
• Osez ! Vous avez le droit de trouver quelques « punchlines » dans votre thèse, de proposer des éléments controversé (tant que c’est sourcé !)

Lorsque vous aurez relu plusieurs fois votre thèse, et que vous en aurez marre, vous pouvez la lire à voix haute (pour démasquer d’autres problèmes — voire vous la faire lire, éventuellement par une IA si vous ne trouvez personne pour ça)… Si le temps le permet, vous pouvez aussi laisser reposer quelques jours/semaines afin de pouvoir la redécouvrir d’un oeil plus neuf.

Je le redis : ces propos ne sont pas tous consensuel, et un relecteur pourra vous rétorquer que la revue limite le recours à « nous » et préfère la forme passive. Ce sont aussi des habitudes éditoriales à respecter pour une publication… mais pour la thèse, c’est vous le responsable éditorial !

Quelques questions (et réponses non consensuelles)

A quel temps écrire : passé, présent ou futur ?

On considère (à tort, comme dit avant !) que la rédaction a lieu après avoir fini l’étude, pour en relater les résultats. Le temps d’écriture est donc le passé (passé simple, passé composé, imparfait) dans toutes les sections, de l’introduction à la conclusion. Bien sûr, il y a quelques moments où il est logique de recourir au présent ou au futur :

• Le présent est utilisé pour les généralités, notamment en introduction et discussion : « L’incidence du diabète de type 2 augmente avec l’âge » (au passé ou futur, ce serait bizarre).
• Le futur est utilisé dans la section discussion > perspectives : « Dans notre étude, le délai moyen entre une infection COVID et un décès était de 21 jours en 2020. Nous réaliserons une nouvelle étude sur les données de 2022 et 2024″.

Faut-il privilégier les formes actives ou passives ?

A choisir, la forme active est plus agréable à lire ! La voix passive est plus lourde, crée du mystère en évinçant potentiellement le COI, inverse les causes et effets dans la lecture… et déresponsabilise les auteurs ! Le passif peut être intéressant toutefois en section « méthodes » pour éviter de débuter chaque phrase par « nous avons… »

Par contre, certaines revues préfèrent éviter le « nous »… et donc privilégient une forme passive et neutre : « xxx patients ont été inclus », « l’objectif de cette étude », etc. C’est un choix éditorial, et tout est possible.

Peut-on utiliser « je » ou « nous » ?

De manière générale, on n’utilise pas « je » (même dans sa thèse) mais « nous ». Même si vous êtes seul (avec votre directeur quand même !)
Une anecdote célèbre est celle de Jack Hetherington qui a écrit un article seul en 1975… mais pour ne pas retaper son papier en remplaçant « nous » par « je », il a intégré en co-auteur F.D.C. Willard… son chat (Felix domesticus Chester, fils de Willard). Ce n’est pas le seul animal qui a co-écrit des articles : citons Galadriel Mirkwood en 1978 (raconté ici), Bruce Le Catt en 1982 (avec un erratum en 2017), Grandmother Liboiron en 2017 ou encore… Nemo Macron en 2020 dans un article canular que j’ai largement raconté ici !
Comme dit juste au-dessus, certaines revues n’aiment pas le « nous » ; d’autres s’en fichent (par exemple, l’article de Nature en 1953 par Watson & Crick — et Rosalind Franklin non citée — débute par « We wish to suggest a structure for the salt of DNA »)

Puis-je faire des copier-coller de cet article / cette recommandation ?

Je déconseille fortement.
D’une part, vous vous exposez à des problèmes (improbables) avec le contrôle anti-plagiat.
D’autre part, il n’est pas agréable lors de la lecture de sentir un changement de style d’écriture, et de se dire qu’on lit une recommandation que l’auteur de la thèse a peut-être lu moins attentivement que nous… Vraiment, écrivez avec vos propres mots, et sourcez tout ce que vous dites : personne ne vous critiquera d’avoir essayé de comprendre et de faire comprendre…

Y’a-t-il un ordre pour écrire ?

Dans un billet de 2010-2011, l’ADML (ex-AACC) propose de faire : tables et figures / résultats / méthodes / introduction / discussion / abstract.
Je ne suis pas d’accord avec ça, parce que ça implique de n’écrire qu’une fois les tables, figures et résultats disponibles. Pour moi, la « méthode du flocon » évoquée au-dessus est meilleure : vous écrivez les titres de sous-section de l’introduction, méthodes, résultats, discussion, conclusion ; vous insérez quelques idées clés dans chacune de ces sous-sections ; vous détaillez progressivement selon vos envies du jour et les données à votre disposition.

De la lecture…

Comme évoqué en début de billet, voici quelques organismes qui ont proposé des guides… parfois discordants les uns avec les autres sur les avis :

• J’avais beaucoup aimé en novembre 2013 le MOOC Writing in Sciences de Kristin Sainani (Coursera / Stanford), qui connait chaque année de nouvelles éditions, et dure environ 30 heures ;
• Elle appuyait notamment son exposé sur le livre de 1918 « The Elements of Style » de William Strunk, Jr. ou encore « On Writing Well: The Classic Guide to Writing Nonfiction » de William Zinsser
• Le CNGE Formation propose une formation « Rédiger pour publier », à destination des généralistes enseignants principalement (animé régulièrement par Jean-Pierre Lebeau, rédacteur-en-chef d’Exercer) ;
• L’ADML (Association for Diagnostics and Laboratory Medicine – anciennement AACC) a publié en 2010-2011 son Clinical Chemistry Guide to Scientific Writing en 14 parties (incluant aussi le rôle de reviewer, etc.) ;
• L’International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) propose des recommandations en ligne, traduites en français ; la plupart des revues incitent à les suivre dans leurs « recommandations aux auteurs » (par exemple Exercer) ;
• l’International Society of Medical Publication Professionnals (ISMPP) a publié les Good Publication Practice 3 disponibles en anglais ici ;
• si vous vous passionnez pour l’écriture scientifique, sachez que l’European Medical Writers Association publie le journal Medical Writing ;
• J’ai également cité dans le 1er billet (avant-propos) quelques sources utiles, dont « La rédaction pour la recherche en santé » ;
• Enfin, il existe de nombreux ouvrages (et sites, blogs, podcasts, etc.) sur l’écriture de manière générale, dont certains éléments (mais pas tous !) peuvent être réutilisés en rédaction scientifique.

LE MOT POUR LE DIRECTEUR
En tant que premier relecteur du travail, j’ai 3-4 obsessions : tout doit être (bien) sourcé – tout doit être clair, sans ambiguïté – le style doit être fluide (suppression des mots inutiles, verbes forts, formes actives, etc.)
Il est souvent difficile de couper son propre texte pour des raisons diverses (notamment si on a passé beaucoup de temps à relire et réécrire déjà)… mais c’est beaucoup plus simple en tant que directeur, dépourvu de ce type de sentiments, d’épurer et de supprimer ce qui est inutile.
A titre personnel, je supprime aisément des mots, parfois paragraphes redondants (notamment dans les résultats). J’ai plus de difficultés à supprimer toute une section qui aurait été bien rédigée et construire, même si elle n’apporte rien à l’article prévu (en dehors de l’objectif). Dans ce cas, je propose de résumer cet hors-sujet en une phrase et de mettre le reste en annexe (ex. « La physiopathologie de la Schtroumpfose reste controversée (Annexe 1) »).

Si vous arrivez ici sans avoir lu ce qui précède, je vous renvoie tout de suite au billet précédent où est mis à disposition mon modèle de thèse.
A l’intérieur de ce modèle, plusieurs éléments de mise en page et de typographie sont déjà largement précisés. Néanmoins, nous allons en reparler ici dans ce billet.
Encore une fois, j’ai pris le parti d’utiliser Word, parce que par expérience c’est celui le plus utilisé par tout le monde ; d’autres options existent en local (LibreOffice, OpenOffice) ou en ligne (Google Docs, OneDrive, LibreOffice Online, etc.). Dans l’absolu, vous pouvez même utiliser des logiciels plus « exotiques » tels que Notes, Scrivener, Dokuwiki, Markdown, etc. mais ils ne seront pas compatibles avec Zotero et seront probablement méconnus de votre directeur qui n’y aura pas ses habitudes de relecteur… Mettez-vous d’accord d’emblée avec votre directeur, qui devra relire et corriger votre thèse !

« Au secours, je ne comprends rien à la mise en page »

Le fichier est déjà pré-formaté et le principal risque est que vous cassiez tout. Ne cassez pas tout. S’il vous plait, pensez à la santé mentale de votre directeur — surtout s’il est un peu obsessionnel… Voici quelques trucs et astuces pratiques que je vous recommande de mettre en pratique pendant la lecture.

Pour vous repérer dans votre document, vous pouvez activer le volet de navigation (Affichage > cliquer sur volet de navigation). A gauche du document s’affiche votre table des matières avec les titres et sous-titres.

La table des matières est également présente dans votre document (si besoin, elle peut être facilement reconstruite dans Références > Table des matières). A la toute fin de la thèse, pensez bien à mettre à jour votre table des matières (clic droit > Mettre à jour les champs > Mettre à jour toute la table).

Pour intégrer de nouveaux titres dans la table des matières (et le volet de navigation), il faut bien utiliser les styles (vous pouvez cliquer sur Accueil > Volet Styles pour avoir un volet à droite). Outre le caractère indispensable pour faire une table des matières, cela vous permettra de faire une mise à jour de tous les « Titre 3 » si vous le souhaitez (pour les mettre en italique par exemple), et vous évitera une architecture incompréhensible !

Pour comprendre la mise en page, je vous conseille d‘afficher les marques de mise en forme (en cliquant sur le symbole « pied-de-mouche » ¶). J’ai longtemps pensé que ceux qui activaient cette option étaient des extraterrestres en cours d’invasion, mais j’avais tort : ces marques permettent de révéler les erreurs invisibles dans votre mise en page (tels que de multiples espaces inutiles en lieu et place de tabulations, sauts de pages ou de section, etc.)

Lorsque vous voulez passer à la page suivante, faites un saut de page (Mise en page > Saut de page > Page). C’est utile notamment lorsque vous voulez mettre un tableau en entier sur une seule page.

Lorsque vous voulez séparer votre document pour avoir des en-têtes différents (par exemple avoir « Introduction », « Matériels et méthodes », « Résultats », « Discussion » et « Conclusion » en haut) ou pour avoir une page au format paysage au milieu de votre document en portrait, il faut utiliser des sauts de section (Mise en page > Saut de page > Saut de section en Page suivante).
Par exemple, pour avoir une section (une ou plusieurs pages) en Paysage, vous faites un saut de section juste avant et un à la toute fin de la section en Paysage ; sur la partie entre ces 2 sauts de section, vous cliquez sur Mise en page > Orientation > Paysage… et voilà.

Enfin, de façon facultative pour la thèse, vous pouvez utiliser les légendes (pour appeler les Figures et Tableaux), les renvois (pour y renvoyer) et les index de tableaux et figures (pour faire une liste des figures et tableaux du document). Ces trois éléments sont dans l’onglet Insérer. Je ne l’ai pas fait dans le modèle pour rester simple et efficace.

L’ASTUCE « SPEEDRUNNER SA THÈSE »
Pour éviter de vous perdre dans « introduction », vous pouvez créer des sous-titres temporaires (voués à disparaître) que vous compléterez au fur et à mesure de vos recherches et de votre motivation. Grâce à l’affichage du volet de navigation, vous aurez un aperçu très détaillé de votre plan mais aussi du déroulé de votre pensée logique au sein de chaque partie.
Par exemple, si vous étudiez la prévalence de la Schtroumpfose chronique dans les cabinets de médecine générale de votre territoire, vous pouvez prévoir le plan :
– Introduction (Titre 1)
— Définition de la Schtroumpfose (Titre 2)
— Aiguë (Titre 3)
— Chronique
— Prévalence de la Schtroumpfose
— Dans le monde
— En Europe
— En France / dans la région / la CPTS…
— Modalités de repérage en médecine générale
— Mode de dépistage dans le monde
— Mode de dépistage en France
— Questionnaires validés
— Facteurs associés à la Schtroumpfose
— Prévalence dans ces facteurs dans le territoire X (définir le territoire)
— Hypothèse quant à la prévalence de la Schtroumpfose dans le territoire X
— Objectifs
En créant un plan de ce type, vous savez où vous allez, vous savez ce que vous cherchez, et ça évite de vous perdre dans la littérature et dans votre introduction !

Suivi des modifications

Pour bien suivre les modifications/corrections, votre directeur de thèse peut être amené à utiliser le suivi des modifications. Attention, vous ne devez PAS refaire les modifications une à une, il suffit de les accepter (rien n’est plus pénible que faire 2 fois le même travail de relecture !)

En pratique, il y a quelques astuces sur Word, dans l’onglet Révision :

• Suivi des modifications : active ou désactive le fait que les modifications vont apparaître d’une couleur différente,
• Suivi > Toutes les marques : vous pouvez choisir « Final » pour voir à quoi ressemblera le document fini… ça permet notamment d’éviter les double espaces ou espaces manquant lors des révisions (ça, c’est plutôt pour votre directeur en fait),
• Accepter / Refuser : normalement, vous pouvez presque toujours faire « accepter toutes les modifications ».

Là encore, il y a des tutoriels sur le site de Microsoft… et vous pouvez trouver facilement des tutoriels sur internet si vous voulez (ici par exemple).

Tableaux, figures et chiffres

Par convention, la légende s’écrit au-dessus pour un tableau (Tableau 1 : Caractéristiques de la population, suivi du tableau)… et en-dessous pour une figure (figure, suivie de Figure 1 : Diagramme de flux). Au passage, pour une thèse en français, on privilégiera des expressions françaises telles que diagramme de flux à flowchart.

Si vous hésitez entre un tableau et une figure, le tableau est probablement préférable. Il permet de synthétiser le maximum d’informations en un minimum de place : c’est un outil redoutable pour votre thèse-article ! L’intérêt d’une figure est surtout d’illustrer des données un peu longues à expliquer.

Un tableau doit être rempli comme sur Excel par exemple, avec une case correspondant à une information au croisement d’une ligne et d’une colonne. Attention à ne SURTOUT pas mettre tout dans une seule case. Autrement dit, ne faites pas ça :

	Nombre de thésés (%)
Hommes Femmes	64 (61,5 %) 40 (38,5 %)
Etudiant en deuxième cycle (externe) (N = 300) Etudiant en troisième cycle (interne) (N = 200)	4 (1,3 %) 100 (33,3 %)

Mais faites ça :

		Nombre de thésés (%)
Sexe	Masculin	64 (61,5 %)
	Féminin	40 (38,5 %)
Niveau d’études	Deuxième cycle (N = 300)	4 (1,3 %)
	Troisième cycle (N = 200)	100 (33,3 %)

Pendant la rédaction, je vous conseille de laisser les traits sur les tableaux. A la fin, pour la mise en page finale, vous pourrez faire de plus jolis tableaux épurés, avec juste le trait haut, le trait sous la première ligne, et le trait sous la dernière ligne (comme montré dans le « modèle de thèse »).

A propos des chiffres, vous noterez que j’ai utilisé ici des nombres en valeur absolue puis pourcentage (ne présentez pas que des pourcentages !). Le nombre de décimales est minimal pour faciliter la lecture sans perdre d’information par rapport à 61,54 % – 38,46 % – 1,33 % – 33,33 % qui sont déjà plus lourds à lire. Enfin, lorsqu’ils sont une part d’un tout, la somme des pourcentages fait 100 % (ici, 61,5 + 38,5 % pour sexe « homme » – « femme »).

Règles typographiques de base en français

Il y a quelques règles typographiques de base à connaître :

• Une phrase commence par une majuscule et se termine par un point… sans dans les légendes de tableaux et figures où on omettra le point ;
• En France, il y a 2 types de ponctuation :
  • les ponctuations avec 1 élément (point et virgule) : il n’y a pas d’espace avant, mais il y a une espace après… (au passage, espace est masculin, sauf en typographie où on dit « une espace » — mais je fais souvent l’erreur, vous le verrez peut-être au masculin !)
  • les ponctuations avec 2 éléments (deux points, point-virgule, point d’interrogation, point d’exclamation, « double » tiret – semi-cadratin ou — cadratin) : il y a une espace avant et une espace après. Voyez ? Comme ça !
  • Mais comme la langue française est riche en exceptions… pour les parenthèses (1 seule élément), il y a un espace avant et un espace après (comme ceci donc) !

Une autre règle importante est celle sur les espaces insécables (Ctrl+Maj+Espace sur PC et Mac), qui peuvent être mis systématiquement dans :

• une suite de chiffres (1 234 567) ou une équation (7 + 11 = 18)
• un chiffre suivi d’un symbole (20 €, 8 %, p < 0,05, 25 janvier 2008, XXI^e siècle…)
• les éléments d’une expression ou d’un titre honorifique ou de civilité ou des initiales (Dr M. Blanc)

Toutefois, vous pouvez opter pour 2 solutions alternatives et pragmatiques :

• mettre des espaces partout MAIS lorsque la composition pose problème avec des « veuves et orphelins », savoir utiliser ces espaces insécables !
• utiliser un correcteur automatisé de typographie… dont on parle ci-dessous !

Savoir se corriger (qu’on fasse un peu ou beaucoup de fautes)

Que vous ayez été lauréat aux Dicos d’or ou que vous fassiez 4 fautes par phrase, à un moment il faudra rendre un manuscrit propre à votre directeur de thèse puis au jury.

Je vous conseille donc d’utiliser l’option native de Word « Vérifier l’orthographe et la grammaire » en cochant toutes les options (sur mac : Word > Préférences > Grammaire et orthographe ; sur PC : Fichier > Options > Grammaire et orthographe — vous pouvez de toute façon toujours trouver les tutoriels facilement sur le support Microsoft)

Vous pouvez également acheter Antidote (Druide), qui existait en local ; depuis la version 2024, il est désormais en abonnement à 60€ par an (avec 30 jours gratuits). Dans ce cas, attention à ne pas tout accepter en correction : il faut tout voir un à un (pour éviter la francisation d’anglicismes voulus, les corrections typographiques indues dans vos références bibliographiques, etc.). C’est par contre redoutablement efficace pour corriger toutes les petites erreurs de typographies tels que les double espaces, les espaces avant/après ponctuation, les espaces insécables ou non, etc.
Il existe des alternatives à Antidote : Scribes, MerciApp, LanguageTool, etc.

Pour une correction « automatisée », vous pouvez également faire appel à l’intelligence artificielle (ChatGPT, etc.) : comme déjà évoqué lors du choix du thème, ou ci-dessus avec Antidote, il faut rester prudent avec les corrections proposées et ne pas tout prendre pour argent comptant.

Enfin, outre ces 3 options de corrections automatisées, vous pouvez également faire appel à un correcteur extérieur — parmi vos proches ou votre famille en général (il existe sinon des professionnels).

Et comme ça fait déjà pas mal d’informations, arrêtons là ! Demain, nous parlerons du style et d’écriture scientifique.

LE MOT POUR LE DIRECTEUR DE THÈSE
Les quelques règles évoquées dans ce billet sont capitales : si elles sont bien suivies, ce sera un gain de temps précieux pour vous éviter des corrections de forme… Ca vous permettra de vous concentrer sur le fond, plutôt que de corriger des fautes d’alignement dans des tableaux ou une orthographe hasardeuse. Pensez à faire ce rappel avant le début de rédaction !

Il est probable que votre faculté propose un modèle de thèse un peu basique : par exemple pour Lille, il y a une maquette de 1ère et 4ème pages. Il faut bien sûr utiliser ces modèles à jour pour l’uniformité des thèses au sein de la faculté (avec un avertissement sur le fait que les opinions n’engagent pas la faculté, les conflits d’intérêt, parfois la liste des professeurs de l’université, les remerciements, etc.)…

Il est aussi pertinent pour gagner du temps d’avoir aussi une trame pré-formatée du contenu. Vous pouvez vous amuser à réinventer un modèle de thèse de zéro, ou en reprenant exemple sur des thèses déjà publiées…
Mais le plus simple, c’est vous procurer un modèle « prêt à remplir », proposé par votre directeur par exemple.
Sur le site Objectif Thèse, cité dans le premier billet, Emmanuel Chazard propose un « modèle de thèse en français » qui est très bien.
Dans ce billet du jour, je vous présente et vous propose mon modèle de thèse en libre téléchargement. Il est prévu pour des thèses quantitatives mais nous verrons plus bas que la trame est très similaire en qualitatif — sauf pour la section méthodes.

Quel logiciel utiliser ?

Par habitude, j’utilise la suite Microsoft (Word, Excel, PowerPoint…) et par expérience, c’est l’outil le plus utilisé par les internes que j’ai encadrés. Toutefois, vous pouvez tout à fait utiliser LibreOffice ou OpenOffice, ou ce que vous voulez (évitez des choses exotiques pour une thèse telles que Notes, LaTeX, Final Draft, Scrivener…).
Une autre possibilité est d’utiliser Google Docs ou OneDrive ou des pendants libres tels que LibreOffice Online ou Etherpad (vous pouvez trouver mon modèle Google Docs à enregistrer depuis ce lien).

Pour le choix entre une solution locale type Word (LibreOffice, etc.) et une solution en ligne (Google Docs, OneDrive, LibreOffice Online, Etherpad, etc.), il faut penser au partage avec votre directeur(rice) pour la relecture et les corrections… et à la sauvegarde car la thèse est de ces fichiers maudits qui finissent par être perdus quand la date butoir approche :

• La solution en ligne permet d’éviter la perte et de partager en continu (évite le : « oh non ma clé USB a été mangée par mon chien et un train a roulé sur mon ordinateur, quelle mauvaise journée je passe ») ;
• La solution locale permet de garder les données chez vous et de partager à certains moments opportuns (en sachant que le travail est un peu en stand-by pendant la phase de relecture).

Quelque soit votre choix (local ou en ligne), il faut idéalament le faire là, avant de débuter ! La raison principale est que le passage de l’un à l’autre a tendance à altérer un peu la mise en page… et surtout n’est pas toujours si simple avec le logiciel de gestion des références bibliographiques (Zotero).

L’ASTUCE « SPEEDRUNNER SA THÈSE »
Si votre but est d’aller vite, la solution « en ligne » est celle qui vous fera gagner le plus de temps.
Elle vous permet d’avoir un retour de votre directeur régulier si vous le souhaitez, tout en vous permettant de continuer à rédiger même lorsqu’il relit. Si c’est pertinent (rarement le cas), vous pouvez même organiser des sessions de réécriture/correction en commun sans avoir à vous déplacer : le temps que vous ne passez pas dans un transport est du temps que vous pouvez consacrer à votre thèse.

Trame d’une thèse

Bon, ça y est, vous avez téléchargé le fichier ? De nombreuses informations sont déjà à l’intérieur et on pourrait arrêter là pour aujourd’hui. Néanmoins, je développe ici rapidement le contenu. Vous verrez qu’introduction, résultats, discussion et conclusion comportent les mêmes sous-parties qu’on soit en qualitatif ou en quantitatif. Ce qui change principalement est la section méthodes (et bien sûr le contenu de la section résultats).

• PAGE DE TITRE, AVERTISSEMENT, REMERCIEMENTS, DÉCLARATION DE LIENS D’INTÉRÊTS…
• RÉSUMÉ (1 page)
• INTRODUCTION (1-2 pages) : à penser en « entonnoir » du plus général à la question de recherche précise
  • Contexte : définitions (des mots de votre titre notamment !), historique… (faire une version courte et si besoin, détailler en annexes)
  • Ce qui est connu sur votre sujet précisément (en détaillant si c’est pertinent) :
    • Dans le monde
    • En Europe
    • En France
    • Dans la région / le département
  • Ce qui n’est pas connu (et pourquoi ça n’est pas connu)
  • Hypothèse(s)
  • Objectif(s) d’étude
• METHODES (2 pages) : c’est la recette de cuisine, pour que quelqu’un qui veut reproduire vos résultats puisse le faire.
  • Type d’étude
    • Etude quantitative
      • Etude épidémiologique
        • descriptive (série de cas, transversale, longitudinale)
        • analytique (cas-témoin, cohorte, expérimentale)
      • OU étude diagnostique
      • OU étude thérapeutique (en intention de traiter, per protocole)
    • Etude qualitative
      • Bibliographie, étude de cas
      • Théorie ancrée
      • Ethnographie
      • Phénoménologie
    • Revue de littérature (narrative, systématique, systématique avec méta-analyse, parapluie)
    • Contexte
      • Lieux : monocentrique ou multicentrique
      • Dates : recrutement, exposition, suivi…
      • Prospective (choix des variables recueillies en amont) ou rétrospective (utilisation de bases déjà existantes)
    • Population :
      • Si quantitatif : vous allez chercher à être représentatif de la population :
        • Critères d’inclusion (population cible → population source → population incluse)
        • Critères d’exclusion
      • Si qualitatif : vous allez être en recherche de variation maximale (plus grande diversité d’avis)
    • Variables / recueil de données :
      • Quantitatif :
        • Variable à expliquer / critère de jugement principal
        • Critères de jugement secondaire le cas échéant
        • Variables explicatives (détaillées avec précision quant à leur unité, leur mode de recueil (traitements recueillis dans le dossier, antécédents recueillis oralement et codés selon la classification CIM-10…), mesures prises pour éviter les biais, etc.)
      • Qualitatif :
        • Entretiens (structurés, semi-structurés, approfondis, de focus groups)
        • Observation (directe participante, directe non participante, indirecte par analyse documentaire, indirecte par analyse de transcription)
        • Méthodes de consensus (groupe nominale, méthode Delphi)
    • Ethique et réglementation
    • Analyses des résultats :
      • Quantitatif : analyses statistiques
        • Gestion des données manquantes (imputation – rare dans une thèse…)
        • Tests utilisés (corrélation de Pearson, test t de Student, Chi2, ANOVA, régression linéaire, régression logistique, etc.)
        • Risque alpha à 5 % (classiquement)
        • Logiciel utilisé (Excel, R, SPSS, Jamovi, etc.)
      • Qualitatif :
        • Tests utilisés (théorie ancrée, phénoménologie interprétative, analyse du discours, ethnographie, etc.)
        • Logiciel utilisé (NVivo, etc.)
• RESULTATS (2-3 pages) : tout l’art ici est d’être synthétique et les tableaux sont des aides précieuses en quantitatif.
  • Description de la population
    • En quantitatif, faire un flowchart (cible → source → inclus → analysés, en précisant le nombre et raisons d’exclusion à chaque étape)
    • Tableau 1 avec les caractéristiques de la poulation
  • Résultats principaux (objectif principal)
    • Si quantitatif : pensez aux intervalles de confiance à 95 % pour toute mesure concernant un échantillon (comme dit précédemment, préparer les tableaux attendus avant même d’analyser les résultats ça permet de ne pas se laisser influencer ou de se perdre dans une foultitude de données !)
  • Résultats secondaires (objectifs secondaires)
• DISCUSSION (2-4 pages) : la trame est toujours la même avec résultats principaux, comparaison, forces et limites, perspectives
  • Résultats principaux (si vous avez 2 sous-études avec 2 grands types résultats, n’hésitez pas à faire un sous-titre par exemple « chez les médecins » / « chez les patientes » ; ensuite, utilisez les mêmes sous-titres dans les parties suivantes de comparaison à la littérature, forces et limites)
  • Comparaison des résultats à la littérature
    • Pensez à comparer les caractéristiques de votre population à la littérature ; si vous étudiez des médecins : l’Atlas démographique de l’Ordre (national ou région) et l’annuaire RPPS (https://annuaire.sante.fr/web/site-pro/extractions-publiques)
    • Si vous utilisez des données hospitalières : ScanSanté
  • Forces
    • Validité externe avec la littérature,
    • Validité interne avec la méthodologie
  • Limites (et comment vous les avez limitées)
    • Biais de sélection
    • Biais d’information
    • Biais de confusion
    • Etc.
  • Perspectives
• CONCLUSION (1 page)
  • Ce qui est désormais connu (interprétation prudente et généralisation)
  • Ce qui change dans les pratiques

Comme dit précédemment, la thèse finale, du premier mot de l’introduction au dernier de la conclusion (sans le résumé, les références bibliographiques et les annexes donc) doit faire la taille d’un article soit environ 20 000 signes espaces comprises, soit environ 10-12 pages en interligne 1,5 notamment en quantitatif (un peu plus en qualitatif pour les résultats). S’il y a d’autres choses à ajouter (et il y en aura), ce sera pour les annexes.

Ce plan est une base un peu universelle. L’idée est de faire une sorte de « calage », comme dans les revues de presse, pour savoir ce que vous cherchez et où le mettre dans votre thèse-article. 

Enfin, comme dit précédemment, vous n’aurez pas à écrire ça de façon linéaire !

Dans le billet suivant, nous parlerons davantage de techniques, avec quelques connaissances à avoir sur Word pour ne pas tout casser, et savoir gérer les principales difficultés de mise en page que vous rencontrerez.

LE MOT POUR LE DIRECTEUR DE THÈSE
Mon meilleur conseil sur cette section est de vous faire VOTRE modèle de thèse personnalisé. Vous pouvez reprendre le mien (ou un autre), et le modifier à votre guise : glissez-y vos conseils, vos remarques, vos choix sur la longueur de telle ou telle section, etc.

Et bonne fête de Saint-Nicolas ! J’aurai sûrement un édito dans Egora ce jour ou dans le week-end.